文献

J-GLOBAL ID：201502294377885107   整理番号：15A0470272

コンビナトリアルプール法を用いた不均一ウイルス個体群の次世代配列決定のための計算枠組

Computational framework for next-generation sequencing of heterogeneous viral populations using combinatorial pooling

著者 (9件)： SKUMS Pavel (Centers of Disease Control and Prevention, GA, USA) ,  ARTYOMENKO Alexander (Georgia State Univ., GA, USA) ,  GLEBOVA Olga (Georgia State Univ., GA, USA) ,  RAMACHANDRAN Sumathi (Centers of Disease Control and Prevention, GA, USA) ,  MANDOIU Ion (Univ. Connecticut, CT, USA) ,  CAMPO David S. (Centers of Disease Control and Prevention, GA, USA) ,  DIMITROVA Zoya (Centers of Disease Control and Prevention, GA, USA) ,  ZELIKOVSKY Alex (Georgia State Univ., GA, USA) ,  KHUDYAKOV Yury (Centers of Disease Control and Prevention, GA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 5  ページ： 682-690  発行年： 2015年03月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： バーコーディングおよびコンビナトリアルプールと最適なウイルス特異性プール設計および配列されたプールからの個々のサンプルのデコンボリューションに対するアルゴリズムを含む計算枠組を用いて,次世代配列決定を組み合わせたウイルスサンプルの配列決定のためのプロトコルを開発した。この枠組は配列決定コストを減少させ,高い精度でウイルス個体群のデコンボリューションを行わせることをC型肝炎ウイルスに対する実験およびシミュレーションデータにおけるこの枠組の評価が示した。

シソーラス用語： *コンビナトリアルケミストリー ,  *ウイルス ,  *個体群 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *計算 ,  符号化 ,  バーコード ,  デコンボリューション ,  アルゴリズム ,  C型肝炎ウイルス ,  測定データ ,  シミュレーション
準シソーラス用語： *コンビナトリアル法 ,  バーコーディング ,  *遺伝子配列決定 ,  実験データ

分類 (3件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  計算機利用技術一般  (JE01000C)

タイトルに関連する用語 (5件)： 不均一 ,  ウイルス ,  個体群 ,  次世代 ,  計算