バンデンボンアレクシス

Vandenbon Alexis

所属機関・部署：
ホームページURL (1件)： https://genomics.virus.kyoto-u.ac.jp/

研究分野 (2件)：ゲノム生物学 , システムゲノム科学

研究キーワード (3件)：空間トランスクリプトミクス , シングルセルトランスクリプトミクス , バイオインフォマティクス

競争的資金等の研究課題 (3件)：

2022 - 2025 細胞種特異的発現を決めるエンハンサー文法の探求
2023 - 2025 空間オミックスデータ解析用データベースの開発
2020 - 2023 Comprehensive optimization of cell type-specific gene co-expression networks and construction of a cell type-specific co-expression database

論文 (50件)：

Vladyslav Honcharuk, Afeefa Zainab, Yoshiya Horimoto, Keiko Takemoto, Diego Diez, Shinpei Kawaoka, Alexis Vandenbon. DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments. Nucleic acids research. 2026. 54. D1. D1017-D1030
Nupura Prabhune, Yilin Du, Afeefa Zainab, Satoru Ebihara, Shinji Takeoka, Shinpei Kawaoka, Alexis Vandenbon. Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB. Journal of visualized experiments : JoVE. 2025. 223
Yurina Maeshima, Tatsuki R Kataoka, Alexis Vandenbon, Masahiro Hirata, Yasuhide Takeuchi, Yutaka Suzuki, Yukiko Fukui, Masahiro Kawashima, Masahiro Takada, Yumiko Ibi, et al. Intra-patient spatial comparison of non-metastatic and metastatic lymph nodes reveals the reduction of CD169+ macrophages by metastatic breast cancers. EBioMedicine. 2024. 107. 105271-105271
Martin Loza, Alexis Vandenbon, Kenta Nakai. Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppression. Nucleic acids research. 2024. 52. 3. 1107-1119
Takuya Uehata, Shinnosuke Yamada, Daisuke Ori, Alexis Vandenbon, Amir Giladi, Adam Jelinski, Yasuhiro Murakawa, Hitomi Watanabe, Kazuhiro Takeuchi, Kazunori Toratani, et al. Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through Regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz. Blood. 2023

MISC (2件)：

Vandenbon Alexis, 竹本経緯子. DeepSpaceDB-空間トランスクリプトーム公開データの直感的かつ高速な探索. 実験医学増刊. 2025. 43. 20
Alexis Vandenbon, 竹本経緯子. DeepSpaceDB:空間トランスクリプトミクスデータの探索的解析. 実験医学. 2025. 43. 6

書籍 (1件)：

講演・口頭発表等 (29件)：

R を用いた空間解析の基礎と空間データベースの紹介
(データ解析講習会:AJACS Webinar 2025)
DeepSpaceDB: an interactive database for in-depth exploration of spatial transcriptomics samples
(第48回日本分子生物学会年会 2025)
DeepSpaceDBデータベースを使用した空間トランスクリプトミクスデータの探索的解析
(第98回日本生化学会 2025)
DeepSpaceDB: an interactive spatial transcriptomics atlas spanning diverse tissues, conditions, and platforms
(NGS EXPO 2025 2025)
空間オミックス解析のデータベースとその課題
(Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2025 2025)

経歴 (4件)：

受賞 (5件)：

2025 - Bio"Pack"athon Bio"Pack"athon Organizer's Choice Special Award 2024
2024/10 - Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024 Best Poster Award
2023 - GIW ISCB-Asia conference Best Poster Award
2021 - IIBMP2021 conference Best Poster Award
2019 - Japanese Society of Bioinformatics Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize

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