大里直樹

オオサトナオキ | Osato Naoki

所属機関・部署：
職名：主任研究員

研究分野 (2件)：システムゲノム科学 , 生命、健康、医療情報学

研究キーワード (19件)：非コードDNA , インシュレータ , エンハンサー , 深層学習 , 生化学 , 分子生物学 , 情報学 , 統計学 , ゲノム科学 , 生命情報学 , バイオインフォマティクス , 染色体相互作用 , センス・アンチセンスmRNA , タンパク質非コードRNA , エピゲノム , 転写因子 , 遺伝子発現 , 遺伝子発現制御 , 遺伝子転写制御

競争的資金等の研究課題 (6件)：

2022 - 2024 深層学習による遺伝子発現制御ネットワーク解析技術の開発
2021 - 2022 エンハンサーに関わるDNA配列と遺伝子発現に影響する転写因子の網羅的な探索
2021 - 2022 深層学習による生物実験データ解析法と研究仮説検証法の開発
2020 - 2021 遺伝子転写制御のゲノムワイドな予測法の開発
2009 - 2010 線虫のゲノムワイドな転写制御ネットワーク解析

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論文 (33件)：

Chao Zeng, Atsushi Takeda, Kotaro Sekine, Naoki Osato, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2022. 2509. 315-340
Naoki Osato. Discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription. 2020
Mari Iwase, Soshi Tokiwa, Shigeto Seno, Takako Mukai, Yu-Sheng Yeh, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Sigenobu Matsumura, Tatsuya Kusudo, et al. Glycerol kinase stimulates uncoupling protein 1 expression by regulating fatty acid metabolism in beige adipocytes. The Journal of biological chemistry. 2020. 295. 20. 7033-7045
Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, et al. Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes. Bioscience, biotechnology, and biochemistry. 2020. 84. 2. 305-313
Ryuichiro Nakato, Youichiro Wada, Ryo Nakaki, Genta Nagae, Yuki Katou, Shuichi Tsutsumi, Natsu Nakajima, Hiroshi Fukuhara, Atsushi Iguchi, Takahide Kohro, et al. Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells. Epigenetics & chromatin. 2019. 12. 1. 77-77

書籍 (10件)：

Topics 機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索
月刊細胞, ニューサイエンス社 2022
Topics 実験データ解析と機械学習による転写制御因子の探索、特集エピトランスクリプトミクス
月刊細胞、ニューサイエンス社 2021
Topics 実験データ解析による転写制御因子の探索、特集ゲノムデータを駆使した医学研究
月刊細胞、ニューサイエンス社 2021
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発
情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-67 No.6 2021
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発
情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-68 No.2 2021

講演・口頭発表等 (122件)：

Systematic discovery of regulatory motifs associated with an insulator function for human enhancer-promoter interactions
(ERATO International Symposium on Chromatin Architecture: Structure and Function 2023)
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見
(第45回日本分子生物学会年会 2022)
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見
(第45回日本分子生物学会年会 2022)
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見
(日本遺伝学会第94回大会 2022)
ヒトのクロマチン相互作用のインシュレータ機能と関わる転写因子の網羅的な解析と発見
(第11回生命医薬情報学連合大会 2022)

受賞 (2件)：

2018/08 - 情報処理学会山下記念研究賞 Characteristic of functional enrichment of putative transcriptional target genes and its application
2018/05 - 情報処理学会BIO研究会 SIGBIO優秀プレゼンテーション賞 Characteristics of functional enrichement of putative transcriptional target genes and its application

所属学会 (8件)：

(資格)JDLA Deep Learning for Engineer 2023#1 , (資格)バイオインフォマティクス技術者認定試験 , (資格)JDLA Deep Learning for General 2022#3 , International Society of Computational Biology , 情報処理学会 , 日本遺伝学会 , 日本分子生物学会 , 日本バイオインフォマティクス学会

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