山上龍太

ヤマガミリョウタ | Yamagami Ryota

所属機関・部署：
職名：特任講師

研究分野 (4件)：生物物理学 , 分子生物学 , 機能生物化学 , 生体化学

研究キーワード (5件)：リボザイム , Translation , RNA folding , tRNA , RNA

競争的資金等の研究課題 (14件)：

2023 - 2028 ストレス応答に伴う細胞内tRNAの質的変動を新たな手法で解明する
2024 - 2027 これまでにないドメイン構成やサブユニットをもつアーキアtRNA修飾酵素の研究
2024 - 2026 これまでにないドメイン構成をもつ新規RNAメチル化酵素(TrmTS)による tRNAの安定性制御機構の解明
2024 - 2025 RNAの構造によるエピトランスクリプトーム制御機構の解明
2023 - 2025 細胞癌化に伴う細胞内tRNAの質的変動解析と診断マーカーへの応用

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論文 (28件)：

Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori. ArcS from Thermococcus kodakarensis transfers L-lysine to preQ0 nucleoside derivatives as minimum substrate RNAs. The Journal of biological chemistry. 2024. 300. 8. 107505-107505
Ryota Yamagami, Hina Kubota, Emi Kohno, Hiroyuki Hori. High-throughput mutational analysis of a methyltransferase ribozyme. Frontiers in RNA Research. 2024. 2
Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami. Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA. RNA (New York, N.Y.). 2024. 30. 6. 710-727
Yoh Kohno, Asako Ito, Aya Okamoto, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori. Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) requires the correct localization of its methylation site (G18) in the D-loop for efficient methylation. Journal of biochemistry. 2023. 175. 1. 43-56
McCauley O Meyer, Ryota Yamagami, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua. RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life. Science advances. 2023. 9. 38. eadh5152-15

MISC (5件)：

内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島茂, 林昌宏, 海老原秀喜, 好井健太朗, 堀弘幸, VASUDEVAN Subhash G, 澤崎達也, et al. コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの複製複合体再構成に向けた生化学的評価. 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web). 2023. 70th
内上祐介, 江村祐希, VASUDEVAN Subhash G., 安部真人, 山上龍太, 堀弘幸, 高橋宏隆, 澤崎達也. コムギ無細胞系を用いたDENVポリプロテインの合成と複製複合体再構成に向けた酵素活性評価. 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web). 2022. 69th
越智杏奈, 真壁幸樹, 山上龍太, 平田章, 坂口怜子, HOU Ya-Ming, 渡辺和則, 濡木理, 桑島邦博, 堀弘幸. トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素(TrmH)の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別. 日本RNA学会年会要旨集. 2014. 16th
山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸, et al. 葉酸依存性tRNA(m⁵U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか?. 日本RNA学会年会要旨集. 2013. 15th
山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸, et al. サーマス・サーモフィラス由来tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識機構. 日本RNA学会年会要旨集. 2012. 14th

講演・口頭発表等 (83件)：

Thermococcus kodakarensis のtRNAの6位を2'-O-メチル化する新規tRNAメチル化酵素の発見
(第36回日本Archaea研究会 2024)
アーケオシン合成系第二段階目酵素・ArcSの基質RNA特異性
(第36回日本Archaea研究会 2024)
アーケオシン合成におけるLys転移酵素ArcSのX線結晶構造
(第36回日本Archaea研究会 2024)
極小アーキアARMAN-2 tRNAイントロン切断酵素ε2 EndAの触媒反応機構
(第36回日本Archaea研究会 2024)
フラビウイルス複製複合体の再構成に向けた、活性型ポリプロテインのin vitro合成
(第58回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2024)

学位 (1件)：

博士(工学) (愛媛大学)

経歴 (7件)：

2024/04 - 現在愛媛大学大学院理工学研究科特任講師
2021/04 - 2024/03 愛媛大学大学院理工学研究科助教
2019/04 - 2021/03 日本学術振興会海外特別研究員 (ペンシルバニア州立大学)
2016/04 - 2021/03 ペンシルバニア州立大学ポストドクトラルフェロー
2017/01 - 2017/12 上原記念生命科学財団海外リサーチフェロー

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受賞 (6件)：

2023/05 - 日本生化学会中国四国支部第64回日本生化学会中国四国支部例会若手優秀発表賞 Transfer RNAの構造予測法の開発とその応用
2022/11 - 愛媛大学愛媛大学生物科学奨励賞
2021/06 - RNA Society RNA2021 NSF Award
2019/06 - RNA Society RNA2019 Travel award
2017/01 - 公益財団法人上原記念生命科学財団海外留学助成リサーチフェローシップ細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用

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所属学会 (3件)：

RNA society , 日本RNA学会 , 日本分子生物学会

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