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J-GLOBAL ID：201602201275803474   整理番号：16A0321918

キュウリ緑斑モザイクウイルスのレプリカーゼ遺伝子配列の系統発生学的およびバイオインフォマティクス解析【Powered by NICT】

Phylogenetic and Bioinformatics Analysis of Replicase Gene Sequence of Cucumber Green Mottle Mosaic Virus

著者 (5件)： Liang Chaoqiong (Dep. of Plant Pathology,Seed Disease Inspection and Control the Key Lab. of Beijing, China Agricultural Univ., Beijing) ,  Meng Yan (Dep. of Plant Pathology,Seed Disease Inspection and Control the Key Lab. of Beijing, China Agricultural Univ., Beijing) ,  Luo Laixin (Dep. of Plant Pathology,Seed Disease Inspection and Control the Key Lab. of Beijing, China Agricultural Univ., Beijing) ,  Liu Pengfei (Dep. of Plant Pathology,Seed Disease Inspection and Control the Key Lab. of Beijing, China Agricultural Univ., Beijing) ,  Li Jianqiang (Dep. of Plant Pathology,Seed Disease Inspection and Control the Key Lab. of Beijing, China Agricultural Univ., Beijing)
資料名： Bingdu Xuebao  (Bingdu Xuebao)
巻： 31  号： 6  ページ： 620-628  発行年： 2015年 
JST資料番号： C2388A  ISSN： 1000-8721  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 江蘇省,浙江省,湖南,北京からのキュウリ緑斑モザイクウイルスの5分離株のレプリカーゼ遺伝子はamplificated,配列決定して分析した。ヌクレオチド配列の類似性は,CGMMVない1,CGMMVない2,CGMMVない3,CGMMVない4とCGMMVなしの129kdと57kdレプリカーゼ遺伝子は99.64%と99.74%であったことを示した。CGMMVない1,CGMMV No.3とCGMMVない4の129kDaと57kDaレプリカーゼ遺伝子の類似性は99.95%と99.94%であったが,それらはCGMMVない2残り4参照配列の間に,99.16%から99.27%に,99.04%から99.18%に低下した。すべての参照配列はそれぞれ129kD,57kD蛋白質のレプリカーゼ遺伝子配列に基づく近隣結合(NJ)系統樹で6群に分けることができた。cgmmvない1,CGMMV No.3とCGMMVない4は2NJ樹における山東株(Accession No.KJ754195)と共にクラスタ化した;cgmmvない5は2NJ樹における遼寧省分離株(Accession No.EF611826)とクラスターを形成した;cgmmv・2はキュウリ緑斑モザイクウイルスの129kdレプリカーゼ遺伝子の系統樹における韓国スイカ株(Accession No.AF417242)とクラスターを形成した;。interestingly,cgmmv・2はCGMMVの57kDレプリカーゼ遺伝子の系統樹の独立群として分類した。顕著な疎水性ではなく,試験したキュウリ緑斑モザイクウイルス分離株の129kDと57kD蛋白質のコイル状コイル領域。CGMMVない4の129kD蛋白質を除いて,残りは不安定な蛋白質であった。CGMMVない1,CGMMVない2,CGMMV No.3とCGMMVなしの129kD蛋白質の膜貫通ヘリックス(TMH)の数は,それぞれ6,6,2および4であり,これはCGMMVない2,CGMMVない4とCGMMVなしの57kD蛋白質は13,13と5であった。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質 ,  遺伝子 ,  疎水性 ,  系統樹 ,  ヌクレオチド配列 ,  大韓民国 ,  類似性 ,  クラスタ化 ,  *RNAレプリカーゼ
準シソーラス用語： 分離株 ,  浙江省 ,  江蘇省 ,  *バイオインフォマティクス ,  *遺伝子配列 ,  キュウリ緑斑モザイクウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物学・ウイルス学一般  (EG01000D)

タイトルに関連する用語 (5件)： キュウリ緑斑モザイクウイルス ,  レプリカーゼ ,  遺伝子配列 ,  系統発生学 ,  バイオインフォマティクス解析