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J-GLOBAL ID：201602201896100311   整理番号：16A0100120

不規則な輪郭と内側の孔を有するマイクロアレイスポットのための教師無し画像セグメンテーション

Unsupervised image segmentation for microarray spots with irregular contours and inner holes

著者 (5件)： BELEAN Bogdan (National Inst. for Res. and Dev. of Isotopic and Molecular Technol. -INCDTIM) ,  BORDA Monica (Technical Univ. Cluj-Napoca) ,  ACKERMANN Joerg (Johann Wolfgang Goethe-Univ.) ,  KOCH Ina (Johann Wolfgang Goethe-Univ.) ,  BALACESCU Ovidiu (Oncology Inst. “Prof. Dr. Ion Chiricuta”)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Dec  ページ： 16:412 (WEB ONLY)  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景 マイクロアレイ解析は細胞の機能性に関する科学的な仮説を試験するのに強力な方法である。測定はゲノム全体を考慮し,生成した多くのデータは高精度の解析を必要とする。今日では,マイクロアレイ画像の解析のためのゴールドスタンダードはまだ確立されていない。スタンダードアプローチが無いために,新しいプロセシングアルゴリズムを同定する強い必要性がある。方法 教師無しスポットセグメンテーションのための双曲型偏微分方程式(PDEs)に基づいた新たなアプローチを提案する。セグメンテーションに先立って,スポットの共局在するグループの同定のために形態操作を適用した。スポットの列と行の間の境界線を決定するためにグリッド配向を行った。PDEsを応用して各行と列内の変化点を検出し,垂直方向と水平方向の輝度プロフフィールをそれぞれ展開した。プロフィールの変化点は適応された長方形領域内にスポットを限定する境界線を決定した。続いてのk平均法は各個々のスポットのピクセルとその局所的なバックグラウンドを決定した。結果 スタンフォードマイクロアレイデータベース(SMD)から採取されたマイクロアレイ画像のデータセットに対するアプローチを評価した。データセットはArabidopsis Thalianaの全体的な遺伝子発現プロフィールに関する2つの研究に基づいている。スポット強度,回帰率および決定係数の値を計算した。不規則な輪郭と内側の孔を有するスポットに対しては,GenePixRroマイクロアレイ解析ソフトウェアにより決定された値からは有意に異なる強度値であった。今回の強度から異なって発現している遺伝子セットを決定し,GenePixソフトウェアで予測されるよりも活性化されている遺伝子を同定した。結論 今回の方法は,企業や大学で使用される標準的なアプローチに対する価値のある代替や補足を示している。今回のスポットセグメンテーションの重要性を強調するが,このスポットセグメンテーションはウイルスや病原菌感染に対する防御応答で活性化される分子メカニズムをより良く説明するために補助的に重要な遺伝子を同定した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *DNAマイクロアレイ ,  *教師なし学習 ,  *セグメンテーション ,  性質 ,  輪郭 ,  穴 ,  *画像分析 ,  *生体画像 ,  双曲型偏微分方程式 ,  遺伝子発現 ,  強度 ,  係数 ,  比率 ,  計算機コード ,  同定
準シソーラス用語： *DNAマイクロアレイ解析 ,  遺伝子同定 ,  遺伝子発現プロファイリング ,  解析ソフトウェア ,  回帰係数 ,  決定係数 ,  不規則性

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  医用画像処理  (JE04020T)

タイトルに関連する用語 (4件)： 輪郭 ,  内側 ,  教師 ,  画像セグメンテーション