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J-GLOBAL ID：201602202974087331   整理番号：16A0027124

バクテリオロドプシンにおけるレチナール分子の挿入に対するヘリックス会合とヘリックス構造の歪みの観測

Observation of helix associations for insertion of a retinal molecule and distortions of helix structures in bacteriorhodopsin

著者 (2件)： URANO Ryo (Dep. of Physics, Graduate School of Sci., Nagoya Univ., Nagoya, Aichi 464-8602, JPN) ,  OKAMOTO Yuko (Dep. of Physics, Graduate School of Sci., Nagoya Univ., Nagoya, Aichi 464-8602, JPN)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 143  号： 23  ページ： 235101-235101-10  発行年： 2015年12月21日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 天然の構造で歪んだ膜貫通ヘリックスをもつバクテリオロドプシンへの膜タンパク質構造に関して,新しく提案された予測法を応用した。この方法では,膜領域での折畳みの間のサンプリング空間を制限しヘリックスの曲りを含む潜在膜モデルを用いる。レチナールだけを除いた7つの膜貫通ヘリックスでレプリカ交換シミュレーションを行った。得られた構造は,局所極小自由エネルギー状態に対応する類似の構造のクラスタに分類した。2つの最低自由エネルギー状態は,レチナールに対して正しい間隙の天然に似た構造およびこの間隙がヘリックスで満たされた構造に対応している。バクテリオロドプシンに関する以前の実験では,膜貫通ヘリックスの会合は,レチナールの挿入に対する部屋を作ることが示唆された。今回の結果はこれらの結果と一致している。さらに,天然様構造におけるヘリックスの歪みが成功裏に再現された。この歪において,すべてのヘリックスに関するキンクの位置は,Protein Data Bankのデータと類似であるが,曲りの程度は,天然構造中のレチナールに近いものよりレチナールから離れたヘリックスのものにより類似している。このことは,アミノ酸シーケンスが膜貫通ヘリックス中のキンクの位置を特定し,歪みの大きさは,周辺のヘリックス,脂質,およびレチナールのような周辺分子との相互作用に依存するという仮定を示唆するものである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *バクテリオロドプシン ,  *挿入 ,  *螺旋 ,  *ヘリックス構造 ,  分子構造 ,  折畳み ,  モンテカルロ法 ,  自由エネルギー ,  脂環式化合物 ,  ビタミンA ,  不飽和アルデヒド ,  ポリエン ,  膜貫通ヘリックス ,  レプリカ交換法 ,  膜蛋白質構造
準シソーラス用語： *ヘリックス ,  膜タンパク質の構造

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (1件)： レチナール

タイトルに関連する用語 (8件)： バクテリオロドプシン ,  レチナール ,  分子 ,  ヘリックス ,  会合 ,  ヘリックス構造 ,  歪み ,  観測