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J-GLOBAL ID：201602204582322114   整理番号：16A0109694

大蛋白質デザイン問題に関する保証性離散的エネルギー最適化

Guaranteed Discrete Energy Optimization on Large Protein Design Problems

著者 (10件)： SIMONCINI David (INRA, Castanet-Tolosan, FRA) ,  ALLOUCHE David (INRA, Castanet-Tolosan, FRA) ,  DE GIVRY Simon (INRA, Castanet-Tolosan, FRA) ,  DELMAS Celine (INRA, Castanet-Tolosan, FRA) ,  BARBE Sophie (Univ. de Toulouse) ,  BARBE Sophie (UPS) ,  BARBE Sophie (LISBP, Toulouse, FRA) ,  BARBE Sophie (UMR5504, CNRS, Toulouse, FRA) ,  BARBE Sophie (INRA, Toulouse, FRA) ,  SCHIEX Thomas (INRA, Castanet-Tolosan, FRA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 12  ページ： 5980-5989  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コンピューター的蛋白質デザイン(CPD)において,剛性バックボーンおよびアミノ酸回転異性体ライブラリーの利用によって生じる最小エネルギー配座配列検索の難しさは’NP困難’として知られる。本論文では,Dunbrak回転異性体ライブラリーおよびTalaris2014可分解エネルギー機能を利用して,正確な決定論的方法によって全体的最小エネルギー配列配座を同定した。すなわち,10²³⁴までサイズ拡大した検索空間を定義した。これは,最大66GB RAMを必要とする単コア標準計算サーバー上で実施できる。アルゴリズムの変量は,最適エネルギー閾値内の全配列配座を徹底的に列挙することができる。得られた最適データは,エネルギーおよび配列において,存在するCPD専用刺激性アニーリングの実施が完全再デザイン問題の最適条件を見落とす可能性の振動数および振幅を算出するために使用される。最適条件を見出す確率は急速に0近くまで低下する。最悪の場合,1000反復にも拘わらずアニーリングアルゴリズムは最適条件から1 Rosettaユニット以上離れたままで,最適配列とは30%以上のアミノ酸が異なる配列デザインへと導いた。

シソーラス用語： *タンパク質工学 ,  分子設計 ,  最適化 ,  立体配座 ,  *配座解析 ,  シミュレーテッドアニーリング ,  アミノ酸配列 ,  立体異性体 ,  NP困難
準シソーラス用語： エネルギー最適化 ,  回転異性体 ,  計算資源

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質デザイン ,  問題 ,  保証 ,  エネルギー最適化