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J-GLOBAL ID：201602205518934870   整理番号：16A0132454

比較プロテオミクス:生物学的有用性およびデータセット比較可能性の評価

Comparative proteomics: assessment of biological variability and dataset comparability

著者 (7件)： KIM Sa Rang (Chungnam National Univ.) ,  NGUYEN Tuong Vi (Chungnam National Univ.) ,  SEO Na Ri (Chungnam National Univ.) ,  JUNG Seunghup (Chungnam National Univ.) ,  AN Hyun Joo (Chungnam National Univ.) ,  MILLS David A (Univ. California) ,  KIM Jae Han (Chungnam National Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Apr  ページ： 16:121 (WEB ONLY)  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:細菌の比較プロテオミクスでは,データセットの質が異なることや固有の生物学的変動が妨げになることが多い。共通の作業は単一サンプルからのデータセットを再現および標準化することで補えるが,複数のデータセットの比較に比べると確実性は限定される。こうした限界を克服するために,著者らは1)2つのLC-MS/MSデータセットが同等の場合には全スペクトルの相対数(R_TS)を使用し,2)蛋白質の相対量をより正確に計算するための内部標準として9種類の糖分解酵素を使用するという2段階の評価基準を導入している。緑色蛍光蛋白質(GFP)をそれぞれ高レベルまたは低レベル発現しているLactococcus lactis HR279およびJHK24株をモデル系に使用した。GFPの量はスペクトルカウンティングと蛍光の直接測定により決定した。統計分析は著者らの方法で得た相対GFP量が蛍光測定で得た値と一致することを明らかにした。結果:L.lactis HR279とJHK24はR_TS値が1.4未満の2つのデータセットが高発現株と低発現株の間のGFPレベルの相対的な違いを正確に反映していることを明らかにした。事前のR_TSの検討および内部標準の使用なしにスペクトルカウンティング法で計算したGFPの相対増加は3.92±1.14倍であり,この値は直接蛍光を測定して決定した値(2.86±0.42倍)と相関性を示さなかった(p=0.024)。これに対して著者らの方法で得た2.88±0.92という値は,統計学的に有意な差を示さなかった(p=0.95)。結論:著者らの2段階評価は,1)2つの質量分析データセットの同等性の検証,および2)プロテオミックデータセット間の蛋白質の相対量の正確な計算にとって有用な方法であることを証明している。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 乳酸連鎖球菌 ,  緑色蛍光タンパク質 ,  LC-MS分析 ,  タンデム質量分析 ,  *プロテオミクス ,  *定量分析 ,  生物学的比較 ,  内部標準法
準シソーラス用語： LC/MS/MS ,  *比較プロテオミクス

分類 (2件)： 生化学的分析法  (EA03030G) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 比較プロテオミクス ,  生物学的有用性 ,  データセット ,  可能性 ,  評価