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J-GLOBAL ID：201602205591554792   整理番号：16A0109672

AMBER力場に対する砂糖-リン酸塩バックボーンねじりベータの精密化はZ-およびB-DNAの記述を改善する

Refinement of the Sugar-Phosphate Backbone Torsion Beta for AMBER Force Fields Improves the Description of Z- and B-DNA

著者 (7件)： ZGARBOVA Marie (Palacky Univ., Olomouc, CZE) ,  SPONER Jiri (Palacky Univ., Olomouc, CZE) ,  SPONER Jiri (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Brno, CZE) ,  OTYEPKA Michal (Palacky Univ., Olomouc, CZE) ,  CHEATHAMIII Thomas E. (Univ. Utah, Utah, USA) ,  GALINDO-MURILLO Rodrigo (Univ. Utah, Utah, USA) ,  JURECKA Petr (Palacky Univ., Olomouc, CZE)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 12  ページ： 5723-5736  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 核酸に対する経験的力の場に関する研究の一環として,本論文では,砂糖-リン酸塩バックボーンねじりベータの精密化をAMBER力場に基づいて論じ,Z-DNAおよびB-DNAに関する記述の改善を試みた。著者らは,種々のAMBER力の場パラメタリゼーションを用いて,一連の溶媒分子動力学シミュレーションを行ったが,これら力の場は,砂糖-リン酸塩バックボーンねじり角βに対する不正確なポテンシャルの故に,いずれも満足できる結果をもたらさなかった。著者らが最近導入した方法論をも用いて導出した新しいポテンシャルは,バックボーン基板の安定性を著しく増大させて,Z-DNAのバックボーンに関する全体的な記述を改善することを指摘した。

シソーラス用語： プログラムパッケージ ,  *分子動力学 ,  *力の場 ,  *B-DNA ,  *Z-DNA ,  量子論 ,  基幹回線 ,  砂糖 ,  リン酸塩 ,  ねじり ,  角度 ,  パラメタリゼーション ,  溶媒 ,  計算機シミュレーション ,  ポテンシャル ,  精密化
準シソーラス用語： AMBER ,  バックボーン ,  分子動力学シミュレーション

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (9件)： AMBER ,  力場 ,  砂糖 ,  リン酸塩 ,  バックボーン ,  ねじり ,  精密化 ,  B-DNA ,  記述