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J-GLOBAL ID：201602206363186526   整理番号：16A0150694

ハイスループットシークエンシング技術に基づくPOLYGONUM CUSPIDATUM(イタドリ)からのEST-SSRSとEST-SNPの開発および特徴の分析。【Powered by NICT】

著者 (4件)： OUYANG Puyue (广東食品薬品職業学院, 広東, 広州) ,  LIU (中国科学院華南植物園植物資源保護与可持続利用重点実験室 中国科学院華南植物園植物資源保護与可持続利用重点実験室, 広東 ...) ,  XIA Li (广東食品薬品職業学院, 広東, 広州) ,  HU Weiming (中国科学院大学 中国科学院武漢植物園植物種貭創新与特色農業重点実験室, 北京)
資料名： Zhongyaocai  (Zhongyaocai)
巻： 38  号： 6  ページ： 1164-1167  発行年： 2015年 
JST資料番号： C2347A  ISSN： 1001-4454  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的;生物情報学の方法を用いて,イタドリトランスクリプトームからSSRS、SNPSとINDELSマーカーを開発した。方法:1.イタドリRNA-SEQデータをNCBIのSRAデータベースからダウンロードし,TRINITYモザイクの後にUNIGENESを得た。得られたSSRS遺伝子座の情報に対する特徴分析を行ったMISAソフトウエア探索イタドリUNIGENESを用いて,またPRIMER 3ソフトウェアを用いてSSRSプライマーを設計した。BWA/SAMTOOLS/VARSCANフローを用いて虎杖SNPSをとIN-DELSマーカーを開発した。結果:1.イタドリのトランスクリプトーム合計探索から1 SSRS293個の位点を得て,PRIMERの3プライマー設計を経た後,共948SSRSマーカーを得た。同時にBWA/SAMTOOLS/VARSCANフローを利用して375579つ , INDELS 13 029 虎杖SNPSを獲得した。これらのSNPS座16 186本のUNIGENESを共(14.9 MB)上に分布し, SNPS遺伝子座の密度は1 /39.7BPであり,ヌクレオチド多様性(Θ)は0.02519であった。6つのタイプのSNPS変異は置換(233,62.1%)と転換(142, 37.9%),2種類に分類できる。結論;イタドリ遺伝子群に蓄積した豊富なSSRS、SNPSとIN-DELS変異,トランスクリプトームにより多くのPOLYGONUM CUSPIDATUM(イタドリ)からのEST-SSRS、SNPS、INDELSマーカーを得た配列,後続イタドリの遺伝的育種の基礎を築く。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： データベース ,  遺伝 ,  モザイク性 ,  育種 ,  *トランスクリプトーム ,  RNA【核酸】 ,  変異 ,  ソフトウェア ,  遺伝子座
準シソーラス用語： 遺伝子クラスタ ,  NCBI ,  バイオインフォマティクス ,  イタドリ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 生薬一般  (GX06010Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： Polygonum ,  イタドリ ,  EST ,  SNP ,  開発 ,  分析