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J-GLOBAL ID：201602207183322150   整理番号：16A0007480

化学的変換モジュールを検出するための代謝の新規ネットワーク表現

A new network representation of the metabolism to detect chemical transformation modules

著者 (9件)： SOROKINA Maria (Inst. Genomique, Genoscope, Commissariat a l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Evry, FRA) ,  SOROKINA Maria (UMR8030, CNRS, Evry, FRA) ,  SOROKINA Maria (Univ. d’Evry Val d’Essonne, Evry, FRA) ,  MEDIGUE Claudine (Inst. Genomique, Genoscope, Commissariat a l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Evry, FRA) ,  MEDIGUE Claudine (UMR8030, CNRS, Evry, FRA) ,  MEDIGUE Claudine (Univ. d’Evry Val d’Essonne, Evry, FRA) ,  VALLENET David (Inst. Genomique, Genoscope, Commissariat a l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Evry, FRA) ,  VALLENET David (UMR8030, CNRS, Evry, FRA) ,  VALLENET David (Univ. d’Evry Val d’Essonne, Evry, FRA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Nov  ページ： 16:385 (WEB ONLY)  発行年： 2015年11月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]代謝は,各ノードが反応及び/あるいは代謝物を表す指向ネットワークにより一般的にモデル化される。生物間の代謝経路保存性及び相違性を調べるため,過去の研究は類似の経路を発見するための図式アラインメントに基づいていた。数年前,反応モジュールとも呼ばれる化学的変換モジュールの概念が導入され,それは代謝において保存されている化学的変換のシークエンスと合致した。本研究では,同一の化学的変換型を共有する反応が反応分子シグネチャ(RMS)に分類される代謝ネットワークの新規図式表現を開発した。[結果]RMSは全ての反応に対して自動的に計算され,原子及び結合における変化をコード化する。全ての利用できる代謝的知識を含む反応ネットワークは,それからRMSネットワークを得るための端部および反応ノードの集計により次元縮小した。このネットワークの経路を調べ,保存された化学的変換モジュールの実質的な数を検出した。さらに,図式ベースのフォーマリズムは,異なる生物学的保存の意味を反映する複数の経路スコアを定義することを可能にした。これらスコアは既知代謝経路に対応する経路に関して有意に高く,生合成あるいは分解のような代謝経路型を予測する関連規則を構築するために共同して用いた。[結論]RMSネットワークにおける代謝の本表現は,関連する代謝的文脈を捕捉する新規洞察を提供する。さらに,ゲノム文脈の方法に沿って,それは新規代謝経路に対応する遺伝子クラスターの検出を改善する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 代謝 ,  *ネットワーク ,  *代謝経路 ,  *モデリング ,  アラインメント ,  モジュール ,  *次元縮小 ,  生合成 ,  クラスタ ,  評価 ,  酵素反応 ,  *酵素反応機構 ,  β-ラクタマーゼ ,  遺伝現象 ,  保存
準シソーラス用語： *グラフリダクション ,  スコアリング ,  *モデル化 ,  ラクタマーゼ ,  遺伝子クラスタ ,  遺伝的保存 ,  *代謝ネットワーク ,  代謝ネットワークと代謝経路 ,  代謝系路

分類 (4件)： 代謝一般  (EB02030C) ,  細胞生理一般  (EF02010S) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (4件)： 化学 ,  モジュール ,  代謝 ,  表現