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J-GLOBAL ID：201602208355365724   整理番号：16A0154930

粗視化分子シミュレーションによる生体分子複合体の構造動力学モデリング

Modeling Structural Dynamics of Biomolecular Complexes by Coarse-Grained Molecular Simulations

著者 (6件)： TAKADA Shoji (Kyoto Univ., Sakyo, Kyoto, JPN) ,  KANADA Ryo (Kyoto Univ., Sakyo, Kyoto, JPN) ,  TAN Cheng (Kyoto Univ., Sakyo, Kyoto, JPN) ,  TERAKAWA Tsuyoshi (Columbia Univ., New York, USA) ,  LI Wenfei (Nanjing Univ., Nanjing, CHN) ,  KENZAKI Hiroo (RIKEN, Saitama, JPN)
資料名： Accounts of Chemical Research  (Accounts of Chemical Research)
巻： 48  号： 12  ページ： 3026-3035  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： B0966A  ISSN： 0001-4842  CODEN： ACHRE4  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 粗視化生体分子シミュレータ,CafeMolに実装されている粗視化分子動力学(CGMD)シミュレーションの動向と応用について述べた。代表的最小蛋白質モデルとして弾性ネットワークモデルそして古典的GOモデルを取り上げ,拡張したより精巧な蛋白質モデルを示した。次に4つの応用例,分子モーターキネシンのATPサイクル,蛋白質-DNA結合,転写因子p53の二つの垂直配向DNA切片,ジヌクレオゾームの構造動力学,を示した。CG解像度と一致するより正確な静電気的処理そしてリン脂質モデルは重要で有ることが分った。

シソーラス用語： *分子動力学 ,  *分子 ,  モデリング ,  シミュレータ ,  ATPアーゼ ,  *タンパク質複合体 ,  分子間相互作用 ,  転写因子 ,  リン脂質 ,  *計算機シミュレーション ,  キネシン ,  *生体分子 ,  *粗視化分子動力学 ,  蛋白質-DNA相互作用 ,  *分子動力学シミュレーション ,  動力学モデリング ,  分子モータタンパク質 ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： 動力学的モデリング ,  分子モータ

分類 (1件)： 生体物質一般  (EB02010G)

タイトルに関連する用語 (5件)： 粗視化 ,  分子シミュレーション ,  生体 ,  分子複合体 ,  動力学モデリング