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J-GLOBAL ID：201602209060382607   整理番号：16A0300279

次世代シーケンサーデータの解析手法 第6回 ゲノムアセンブリ

Methods for analyzing next-generation sequencing data VI. genome assembly

著者 (6件)： 谷澤靖洋 (東大 大学院新領域創成科学研究科) ,  谷澤靖洋 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  神沼英里 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  中村保一 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  門田幸二 (東大 大学院農学生命科学研究科)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 27  号： 1  ページ： 41-52  発行年： 2016年03月15日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： ゲノムのde novoアセンブリ結果に影響を及ぼす主要なパラ...

シソーラス用語： *自動分析計 ,...
準シソーラス用語： *de novo設計 ,...

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分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (23件)：

• 1) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24: 801-803.
• 2) Zerbino DR, Birney E. (2008) Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Res 18: 821-829.
• 3) Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, et al. (2013) DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data. DNA Res 20: 383-390.
• 4) Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M. (2015) Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260^T, a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage. BMC Genomics 16: 240.
• 5) Kajitani R, Toshimoto K, Noguchi H, Toyoda A, Ogura Y, et al. (2014) Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads. Genome Res 24: 1384-1395.

タイトルに関連する用語 (3件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  ゲノムアセンブリ