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J-GLOBAL ID：201602210716672125   整理番号：16A0132449

グリカンとRNAの複数のツリーから共通規則を抽出するための文法ベース圧縮法

Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs

著者 (5件)： ZHAO Yang (Kyoto Univ.) ,  HAYASHIDA Morihiro (Kyoto Univ.) ,  CAO Yue (Kyoto Univ.) ,  HWANG Jaewook (Kyoto Univ.) ,  AKUTSU Tatsuya (Kyoto Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Apr  ページ： 16:128 (WEB ONLY)  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:自然界および生物では多くのツリー構造が見つかっている。こうしたツリーは一定の規則に基づいて構築されていると考えられている。著者らはこれまでに2分型のツリー文法に基づいて,規則的および非規則的な単一ツリーを文法ベースに圧縮する方法を開発している。ここでは,これらの方法を用いてある単一のツリーについ構築規則が見出されている。またこの構築規則は,複数の同様のツリーの生成にも利用できる。結果:こうした背景から本論文では,整数プログラミングを用いて,従来の方法を改良,拡張して複数の異なるツリーを構築するための共通規則を発見する新たな方法を開発した。ここで提案する方法を,細胞系で重要な役割を果たし,かつツリー構造と見なすことができる複数のグリカンとRNAの二次構造セットに適用した。結果は,提案した方法がグリカンとRNAに問題なく応用でき,それらの間の最低限の文法と複数の共通規則を決定することができることを示唆している。結論:本研究では複数の規則的および非規則的なツリーを構築している最低限の文法の決定について,それぞれ統合プログラミングベースの方法,MinSEOTGMulとMinSEUTGMulを提案した。この提案した方法は,頻度の高いパターンの抽出を越えた,ツリー構造化された生物学データに含まれる階層化構造を決定するための手がかりとなる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *グリコシド ,  *多糖類 ,  *RNA【核酸】 ,  特徴抽出 ,  データマイニング ,  相関ルール ,  *データ圧縮 ,  *ツリー構造 ,  *二次構造 ,  階層構造 ,  文脈自由文法 ,  整数計画法 ,  ヘキソース ,  アルドース ,  脂肪酸 ,  ヘキソサミン ,  カルボアミド
準シソーラス用語： *グリカン ,  相関ルール抽出 ,  *文法圧縮 ,  *RNA二次構造 ,  階層化 ,  整数プログラミング

分類 (4件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  糖質・糖鎖一般  (EB06010I) ,  多糖類  (CF10054P) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (3件)： グルコース ,  マンノース ,  N-アセチルグルコサミン

タイトルに関連する用語 (4件)： グリカン ,  RNA ,  規則 ,  文法