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J-GLOBAL ID：201602211519345387   整理番号：16A1213072

Oryza属のAAゲノム種の核ゲノムとプラスチドゲノムの不一致

Inconsistent diversities between nuclear and plastid genomes of AA genome species in the genus Oryza

著者 (6件)： Yin Hao (United Graduate School of Agricultural Sciences, Iwate University) ,  Akimoto Masahiro (Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine) ,  Kaewcheenchai Reunreudee (Prachinburi Rice Research Center, Bureau of Rice Research and Development, Rice Department) ,  Sotowa Masahiro (Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University) ,  Ishii Takashige (Graduate School of Agricultural Science, Kobe University) ,  Ishikawa Ryuji (Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University)
資料名： Genes & Genetic Systems  (Genes & Genetic Systems)
巻： 90  号： 5  ページ： 269-281(J-STAGE)  発行年： 2015年 
JST資料番号： F0386A  ISSN： 1341-7568  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Oryza属のAAゲノム種は,栽培イネの改良において貴重な遺伝資源である。Oryza rufipogonおよびO.barthiiは,それぞれ2つの栽培イネ種,O.sativaおよびO.glaberrimaの祖先であった。筆者らは,AAゲノム種間の遺伝的多様性を評価するために葉緑体一塩基反復(RCt1-10)を用いた。アメリカ種O.glumaepatulaおよびアジア種O.rufipogonにおいてより高い多様性が検出された。他の葉緑体配列は,O.glumaepatulaがO.longistaminataと高い類似性を共有することを示した。しかし,レトロ転位因子の挿入は,O.barthiiとO.glumaepatulaとの間の密接な関係を示した。AAゲノム間の系統発生関係を明らかにするために,異なる種から得られた全ゲノム配列を用いて葉緑体INDELマーカーを開発した。INDELのパターンは,明らかにO.glumaepatulaの複数の母方起源を示した。複雑な起源により本種は高い遺伝的多様性を有する。対照的に,オーストラリアの固有種O.meridionalisは,他の種よりも多様性が低い傾向があった。葉緑体INDELを用いて再確認されたO.rufipogonの高い多様性は,O.meridionalisの変異およびO.lumaepatulaの変異の一部をカバーした。O.barthii,O.longistaminataおよび残りのO.glumaepatulaを含む母方系統は,系統学的に互いに近接しており,低い遺伝的多様性を有していた。それらは独立した系統から分離しており,母方の単一系統から分岐したことが示唆されるが,SSR組成物が示唆するように,後に分岐してそれぞれの種内で遺伝子フローを維持している。AAゲノム種間の遺伝的関係は,これらの種がどのように進化し,4大陸に分布するようになったかを示す。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *突然変異 ,  *変異誘発 ,  *ゲノム ,  *遺伝 ,  生物多様性 ,  遺伝資源 ,  *イネ属 ,  系統樹
準シソーラス用語： *INDEL突然変異 ,  *葉緑体ゲノム ,  *母性遺伝 ,  遺伝的多様性 ,  *Oryza ,  *栽培化 ,  進化系統樹

著者キーワード (5件)： Oryza ,  AA genome ,  chloroplast genome ,  next-generation sequencing ,  maternal lineage

分類 (2件)： 植物分類学  (EH01030N) ,  作物の品種  (FC02020V)

引用文献 (40件)：

• Akimoto, M., Shimamoto, Y., and Morishima, H. (1998) Population genetic structure of wild rice Oryza glumaepatula distributed in the Amazon flood area influenced by its life-history traits. Mol. Ecol. 7, 1371-1381.
• Brozynska, M., Omar, E. S., Furtado, A., Crayn, D., Simon, B., Ishikawa, R., and Henry, R. J. (2014) Chloroplast genome of novel rice germplasm identified in Northern Australia. Trop. Plant Biol. 7, 111-120.
• Chen, X., Temnykh, S., Xu, Y., Cho, Y. G., and McCouch, S. R. (1997) Development of a microsatellite framework map providing genome-wide coverage in rice (Oryza sativa L.) Theor. Appl. Genet. 95, 553-567.
• Cheng, C., Tsuchimoto, S., Ohtsubo, H., and Ohtsubo, E. (2002) Evolutionary relationships among rice species with AA genome based on SINE insertion analysis. Genes Genet. Syst. 77, 323-334.
• Fuller, D., and Sato, Y-I. (2008) Japonica rice carried to, not from, Southeast Asia. Nat. Genet. 40, 1264-1265.

タイトルに関連する用語 (4件)： Oryza ,  ゲノム ,  核 ,  プラスチド