Pheno2Geno  近交系間の交差のための分子的表現型の地図および遺伝子マーカーのハイスループット生成

ZYCH Konrad; ZYCH Konrad; LI Yang; VAN DER VELDE Joeri K; JOOSEN Ronny VL; LIGTERINK Wilco; JANSEN Ritsert C; ARENDS Danny

文献

J-GLOBAL ID：201602212107471205 整理番号：16A0100055

Pheno2Geno 近交系間の交差のための分子的表現型の地図および遺伝子マーカーのハイスループット生成

Pheno2Geno - High-throughput generation of genetic markers and maps from molecular phenotypes for crosses between inbred strains

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著者 (8件)： , , , , , , ,
資料名：
巻： 16 号： Feb ページ： 16:51 (WEB ONLY) 発行年： 2015年02月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

[背景]遺伝子マーカーおよび地図は量的形質遺伝子座(QTL)マッピングに役立つ。QTL局在の解像度は,集団内の情報組み換えの数,およびそれらがどれほど良くマーカーによってタグ化されるかに依存する。より大きい集団および高密度なマーカー地図は,QTLを検出および位置づけることに関して優れている。希薄過ぎるマーカー地図は飽和でき,あるいはハイスループットオミクスデータに由来する。これらの分子的表現型が主要なQTLによる遺伝的変異に影響されるかどうかは,明白な多モード分布を示す。この情報を用いることで,表現型は遺伝子マーカーに変換できる。[結果]Pheno2Genoツールは,表現型を選択するための混合モデリングを利用し,それらを遺伝子マップの構築および/あるいは飽和に適した遺伝子マーカーに変換する。Pheno2Genoツールは,フォローアップQTLマッピングのための頑強なマーカーのセットを提供するために,複数のおそらく上位相互作用QTLおよび/あるいは環境との相互作用に関する証明を示す,候補遺伝子マーカーを排除する。148のA.thaliana組換え近交系において,370000プローブの遺伝子発現データに対するPheno2Genoの使用を実証する。Pheno2Genoは既存の遺伝地図を飽和でき,0.68cMの理論限界に近い,7.1cmから0.89cMまでマーカー間の平均距離を減らす(148個体に関して100/148=0.68cMごとの組換えを期待する)。これは集団における情報組換えのほぼ全ての位置を正確に示した。[結論]Pheno2Genoパッケージは,ゲノムワイド分子プロファイリングを使用し,ハイスループット新規地図構築および既存の遺伝地図の飽和のためのツールを提供する。ショーケースデータセットの加工は,平均デスクトップPC上で30分未満しかかからない。Pheno2Genoは,いかなる追加的研究コストおよび最小の計算努力で,QTLマッピング結果を向上する。その結果はR/qtlにおける直接的使用にフォーマット化され,QTL研究に対するRパッケージを導く。Pheno2Genoは,「GNU GPL v3」下のCRAN上で無料で利用できる。Pheno2Genoパッケージとともにそのチュートリアルは,http://pheno2geno.nlにおいても発見できる。(翻訳著者抄録)

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分子・遺伝情報処理

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