文献

J-GLOBAL ID：201602212164640927   整理番号：16A0007473

FoCo:核内フォーカスの単純で頑強な定量化アルゴリズム

FoCo: a simple and robust quantification algorithm of nuclear foci

著者 (6件)： LAPYTSKO Anastasiya (Otto von Guericke Univ., Magdeburg, DEU) ,  KOLLAROVIC Gabriel (Otto von Guericke Univ., Magdeburg, DEU) ,  KOLLAROVIC Gabriel (Cancer Res. Inst., Slovak Acad. of Sci., Bratislava, SVK) ,  IVANOVA Lyubomira (Otto von Guericke Univ., Magdeburg, DEU) ,  STUDENCKA Maja (Otto von Guericke Univ., Magdeburg, DEU) ,  SCHABER Joerg (Otto von Guericke Univ., Magdeburg, DEU)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Nov  ページ： 16:392 (WEB ONLY)  発行年： 2015年11月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]核当たりのγH2AXフォーカスの数は,単一細胞におけるDNA二重鎖切断の数の受け入れられている測度である。培養細胞中のγH2AXを検出する実験技術の一つは,γH2AXと核の免疫蛍光標識とその後の顕微鏡イメージング及び解析である。[結果]本研究において,単一細胞画像における信頼できる頑強な自動核内フォーカス計数のためのアルゴリズムFoCoを開発した。FoCoは他のソフトウェアパッケージに対して以下の利点を持つ。1)例えば10Gyまでの放射線線量の対象となった細胞の画像上の密に分布したフォーカスさえも確実に定量する能力,2)フォーカス外背景シグナルを抑制するという点でのフォーカス定量化の頑強性,及び3)その扱いやすさ。FoCoはユーザーが調整しなければならない五つのパラメータのみを必要とする。[結論]FoCoは,低シグナル/ノイズ比及び密に分布したフォーカスでさえも,信頼できる頑強なフォーカス定量化を作りだせ,個々のフォーカス計数のためのGUIを伴うオープンソースでありユーザーフレンドリーなソフトウェアである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *二本鎖DNA切断 ,  アルゴリズム ,  細胞 ,  培養細胞 ,  免疫染色 ,  *蛍光顕微鏡 ,  *蛍光測定 ,  *生化学的分析 ,  プログラムパッケージ ,  放射線照射 ,  放射線量 ,  SN比 ,  ソフトウェア ,  *ヒストン ,  *画像処理
準シソーラス用語： *DNA二重鎖切断 ,  *γH2AX ,  オープンソースソフトウェア ,  ソフトウェアパッケージ ,  画像処理アルゴリズム ,  核内フォーカス ,  *蛍光イメージング ,  単一細胞 ,  *単一細胞解析 ,  低SN比 ,  定量化 ,  免疫蛍光染色

分類 (5件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： フォーカス ,  定量化 ,  アルゴリズム