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J-GLOBAL ID：201602213263615434   整理番号：16A0100049

BiNChE:ChEBIオントロジーに基づく化学的濃縮解析のためのウェブツールおよびライブラリー

BiNChE: A web tool and library for chemical enrichment analysis based on the ChEBI ontology

著者 (14件)： MORENO Pablo (European Bioinformatics Inst.) ,  BEISKEN Stephan (European Bioinformatics Inst.) ,  HARSHA Bhavana (European Bioinformatics Inst.) ,  MUTHUKRISHNAN Venkatesh (European Bioinformatics Inst.) ,  TUDOSE Ilinca (European Bioinformatics Inst.) ,  DEKKER Adriano (European Bioinformatics Inst.) ,  DORNFELDT Stefanie (Leibniz Inst. of Plant Biochemistry) ,  TARUTTIS Franziska (Leibniz Inst. of Plant Biochemistry) ,  TARUTTIS Franziska (Univ. Regensburg) ,  GROSSE Ivo (Martin Luther Univ. Halle-Wittenberg) ,  GROSSE Ivo (German Centre for Integrative Biodiversity Res. (iDiv) Halle-Jena-Leipzig) ,  HASTINGS Janna (European Bioinformatics Inst.) ,  NEUMANN Steffen (Leibniz Inst. of Plant Biochemistry) ,  STEINBECK Christoph (European Bioinformatics Inst.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Feb  ページ： 16:56 (WEB ONLY)  発行年： 2015年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]オントロジーベースの濃縮分析は,大規模生物学的データの解釈および理解を援助する。オントロジーは生物関連グループ化の階層である。オントロジークラスを生物学的実体に繋ぐオントロジーアノテーションを用いることで,解析分析法はオントロジークラスに対する実体の表示を有意に上回るあるいは下回るかどうかを評価する。遺伝子オントロジーを用いてアノテートされた蛋白質セットに対して濃縮解析を走らせる多くのツールが存在する一方で,小分子濃縮解析のために利用できるものは少ししかない。[結果]ChEBIオントロジーに基づく小分子のための濃縮分析ツールであるBiNChEを記述する。BiNChEは,高解像度画像あるいはネットワーク形式においてエクスポートできる,問答型グラフを表示する。本ツールは,ChEBI役割オントロジーあるいはChEBI構造オントロジーのいずれかに基づく,平易,重み付けおよび断片解析を提供する。[結論]BiNChEはメタボロミクスあるいは他のシステムバイオロジー研究文脈内で産生される大規模なセットの小分子の調査を支援する。オープンソースツールは,ChEBIオントロジーツールを用いた濃縮解析への簡単で高度に対話式のウェブアクセスを提供し,スタンドアロンライブラリーとして追加的に利用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： オントロジー ,  遺伝子発現 ,  *解析 ,  Web【情報システム】 ,  遺伝子ライブラリー ,  アノテーション ,  ペプチド ,  グラフ ,  フラグメント ,  重みづけ ,  *分子構造 ,  *情報処理 ,  分子生物学
準シソーラス用語： オミックス ,  ペプチド断片 ,  *遺伝子解析 ,  *遺伝子情報処理 ,  化学構造

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： オントロジー ,  化学 ,  濃縮 ,  解析 ,  ライブラリー