トランスクリプトーム由来一塩基多型に基づくマンゴー(Mangifera indica L.)生殖質多様性

SHERMAN Amir; RUBINSTEIN Mor; ESHED Ravit; BENITA Miri; ISH-SHALOM Mazal; SHARABI-SCHWAGER Michal; SHARABI-SCHWAGER Michal; ROZEN Ada; SAADA David; COHEN Yuval; OPHIR Ron

文献

J-GLOBAL ID：201602213796886308 整理番号：16A0007518

トランスクリプトーム由来一塩基多型に基づくマンゴー(Mangifera indica L.)生殖質多様性

Mango (Mangifera indica L.) germplasm diversity based on single nucleotide polymorphisms derived from the transcriptome

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=16A0007518&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=16A0007518&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=U7027A") }}

著者 (11件)： , , , , , , , , , ,
資料名：
巻： 15 号： Nov ページ： 15:277 (WEB ONLY) 発行年： 2015年11月
JST資料番号： U7027A ISSN： 1471-2229 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:特に幼若期の長い果樹では,生殖質コレクションは植物育種の重要資源である。そのため,果樹コレクションの多様性研究に対する努力がなされてきた。マンゴーは経済的に重要な作物であるが,そのコレクションの多様性の研究は大部分が少数の遺伝的マーカーによりなされてきた。結果:マンゴー栽培品種Keittのde novoトランスクリプトームアセンブリーについて述べた。Keitt及びTommy Atkins品種のIllumina再配列法により変異を発見し,332016の一塩基多型(SNP),1903の単純配列リピート(SSR)を同定した。大部分のSSR(70.1%)はモチーフ(GGA/AAG)nが多いトリヌクレオチドで,23.5%が(AT/AT)nモチーフのジヌクレオチドSSRだった。イスラエルのマンゴーコレクションの多様性を293のSNPサブセットで更に検討した。それらマーカーはイスラエルのマンゴーコレクションを2つの主要なグループに分け,主に東南アジア(マレーシア,タイ,インドネシア)とインドからのマンゴー目録を含む1つのグループと,フロリダとイスラエルのマンゴー栽培品種の大部分を含むグループだった。後者はより多様で(平均F_S=-0.1),前者より一層交雑であった。わずかな個体群分化が検出され(F_ST=0.03),西側世界のマンゴー種が既報の如く東南アジアに起源をもつならば,栽培期間は遺伝的背景を判別するには十分長くないことを示唆する。結論:全トランスクリプトーム再構築をマンゴーの遺伝的変異資源,すなわちSNPとSSRの有意な拡張のために用いた。本研究で示されたSNPマーカーセットは新規である。SNPサブセットをイスラエルのマンゴーコレクション調査に利用し,ほとんどは多くのマンゴーアクセッションで多型性を示した。したがって,SNPはマンゴー多様性の歴史を要約及び強調し,その価値を確信する。(翻訳著者抄録)

, , , , , , , , , , , , ,
, ,

果樹 , 遺伝子操作

, , , , ,

前のページに戻る