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J-GLOBAL ID：201602213926674227   整理番号：16A0100083

配列モチーフを用いたMycobacterium tuberculosisとHomo sapiens間の宿主-病原体蛋白質相互作用の予測

Prediction of host - pathogen protein interactions between Mycobacterium tuberculosis and Homo sapiens using sequence motifs

著者 (12件)： HUO Tong (Nankai Univ.) ,  HUO Tong (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine) ,  LIU Wei (Nankai Univ.) ,  LIU Wei (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine) ,  GUO Yu (Nankai Univ.) ,  GUO Yu (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine) ,  YANG Cheng (Nankai Univ.) ,  YANG Cheng (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine) ,  LIN Jianping (Nankai Univ.) ,  LIN Jianping (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine) ,  RAO Zihe (Nankai Univ.) ,  RAO Zihe (Tianjin International Joint Acad. of Biotechnology and Medicine)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Mar  ページ： 16:100 (WEB ONLY)  発行年： 2015年03月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:M.tuberculosis多剤耐性株(MDR-TB)の発生は病原体を征服する世界的努力を無為とする恐れがある。M.tuberculosisとHIVとの共感染は治療困難とされる。これら新たな課題の克服には,これら細菌がいかに疾患を起こすかを解明するためM.tuberculosisと宿主間の相互作用を研究することが必須である。結果:配列モチーフに基づいて,M.tuberculosisとHomo sapiens間の宿主病原体相互作用(HPI)を予測するためのシステマティックフローを報告する。まず,’インターログ’法によるHPI特定のための初期入力として蛋白質配列を用いた。ドメイン-ドメイン相互作用(DDI)予測によりHPIをさらにフィルタリングした。残りのHPIをフィルタリングするために,蛋白質の機能的アノテーションおよび公的利用可能実験結果を利用した。これら戦略によりM.tuberculosisから43種の蛋白質とHomo sapiensから48種の蛋白質を含むHPI関連蛋白質118対を特定した。HPI関連蛋白質118対について予測種間および種内相互作用を用いて,M.tuberculosisおよびHomo sapiens間の生物学的相互作用ネットワークを構築した。最後に,これら予測相互作用および蛋白質を保存するために,PATH(M.tuberculosisおよびヒト蛋白質相互作用)と名付けられたウェブにアクセス可能なデータベースを構築した。結論:本相互作用ネットワークは宿主-病原体の蛋白質-蛋白質相互作用に関する研究を促進し,M.tuberculosisの宿主との相互作用の解明に寄与する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *結核菌 ,  *細菌タンパク質 ,  宿主域 ,  ヒト ,  動物タンパク質 ,  細菌感染 ,  *分子間相互作用 ,  *アミノ酸配列 ,  データベース ,  Web【情報システム】 ,  予測技法 ,  配列相同性
準シソーラス用語： *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  蛋白質データベース ,  *ドメイン間相互作用

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： モチーフ ,  Mycobacterium ,  HOMO ,  宿主 ,  病原体 ,  蛋白質相互作用 ,  予測