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J-GLOBAL ID：201602214228519372   整理番号：16A0007509

Gap法: HIV1配列データにおける系統発生的クラスターの同定

The Gap Procedure: for the identification of phylogenetic clusters in HIV-1 sequence data

著者 (5件)： VRBIK Irene (McGill Univ., Montreal, CAN) ,  STEPHENS David A. (McGill Univ., Montreal, CAN) ,  ROGER Michel (Centre de recherche du CHUM, Montreal, CAN) ,  BRENNER Bluma G. (McGill Univ., Montreal, CAN) ,  BRENNER Bluma G. (McGill Univ. AIDS Centre, Montreal, CAN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Nov  ページ： 16:355 (WEB ONLY)  発行年： 2015年11月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:感染症コンテキストにおいては,配列クラスタリングが伝搬動態の解明に用いられる。クラスター分析は通常十分に小さい遺伝的距離と高いブートストラップサポート(または事後確率)に基づいてクラスターを割り当てる系統学的手法を用いて行われる。この系統学的閾値法に関わる計算的負荷は,特に多数の配列を扱う場合は大きな欠点となる。また,本法は用途に応じて広範囲に変化する適切な閾値をユーザーが設定する必要がある。結果:本稿では,ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV1)感染個体から採取したDNA配列を分類するための距離ベースクラスタリングアルゴリズム,Gap法を提案する。このヒューリスティックアルゴリズムは系統学的再構築の必要性を回避することにより大規模な遺伝子データセットの迅速分析を支援する。また,この完全自動化法では,クラスターの推測は,ソートされたペアごとの距離のデータ駆動型ギャップに依存しているので,ユーザー指定の閾値を必要としない。本Gap法によって得られたクラスタリング結果は閾値を用いる方法と良く一致し,分析時間も短縮できる。結論:Gap法は計算時間を劇的に向上させるだけでなく,遺伝的に類似した配列の異なるグループを見つけることに非常に有効で,主観的なユーザー指定の値を必要としない。本法によって得られた遺伝的に類似する配列のクラスターは,HIV1の伝搬パターンを検出し,それによって疾患の予防,治療および封じ込めが可能となる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 発見的方法 ,  遺伝的アルゴリズム ,  クラスタ化 ,  ヌクレオチド配列 ,  *配列相同性 ,  染色体地図 ,  種分化 ,  感染経路 ,  *HIV1 ,  臨床分離菌 ,  *微生物検査 ,  ウイルス遺伝子 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： Gapアルゴリズム ,  *ウイルス検査 ,  クラスタリングアルゴリズム ,  ヒューリスティックアプローチ ,  遺伝子間距離

分類 (3件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： GAP ,  HIV1 ,  系統発生 ,  クラスター ,  同定