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J-GLOBAL ID：201602214309233805   整理番号：16A0100127

DHOEM:実際のSNPマーカーデータ中の新しいマーカーをシミュレーションするための統計シミュレーションソフトウェア

DHOEM: a statistical simulation software for simulating new markers in real SNP marker data

著者 (4件)： JACQUIN Laval (Centre de Cooperation Internationale en Rech. Agronomique pour le Developpement) ,  CAO Tuong-Vi (Centre de Cooperation Internationale en Rech. Agronomique pour le Developpement) ,  GRENIER Cecile (Centre de Cooperation Internationale en Rech. Agronomique pour le Developpement) ,  AHMADI Nourollah (Centre de Cooperation Internationale en Rech. Agronomique pour le Developpement)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Dec  ページ： 16:404 (WEB ONLY)  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景 群をシミュレーションするために,特異的な推定に基づいた多くのシミュレーションツールが提唱されている。ここでは,群推定が無く,現実のSNPマーカーデータ内で新たなマーカーをシミュレーションする,DHOEM(loess回帰と最尤によるハプロタイプの緻密化)と名付けられたシミュレーションツールを示す。DHOEMの主な目的は新たな群を生成することで,新たな群は最初の群からの統計学習により現実のSNPとシミュレーションしたSNPを取り込んでいるのだが,それはシミュレーションされたSNPの実現された特徴に合致している。結果 DHOEMの能力を明らかにするために,ラテンアメリカで陸稲を育育種するために用いられている合成群から8336のSNPを有する12の染色体に対する704のハプロタイプサンプルを使用した。関連するマーカーデータセットのマーカー緻密化の前後で,対立遺伝子頻度,対になるSNPのLD係数およびデータ構造の分布は,適度なマーカー緻密化で比較的よく一致することが示された。DHOEMは,ユーザーが定義したマイナー対立遺伝子頻度(MAF)の限界により,ユーザーが希望のマーカー密度レベルを明確にできるユーザーフレンドリーなツールであるが,MAFの限界は合理的な計算時間で求められる。結論 DHOEMは定量的な遺伝学および育種でのシミュレーションと方法研究にとってユーザーフレンドリーで有用なツールである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： シミュレータプログラム ,  *計算機シミュレーション ,  統計的方法 ,  *一塩基多型 ,  標識 ,  *DNAマーカー ,  回帰分析 ,  最尤法 ,  ハプロタイプ ,  学習 ,  陸稲 ,  染色体 ,  緻密化 ,  遺伝子頻度 ,  データ構造 ,  ゲノム ,  支援プログラム ,  *情報処理
準シソーラス用語： シミュレーションソフトウェア ,  ソフトウェアツール ,  *遺伝子情報処理 ,  対立遺伝子頻度 ,  統計的学習

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： SNPマーカー ,  マーカー ,  シミュレーション ,  統計 ,  シミュレーションソフトウェア