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J-GLOBAL ID：201602214404765857   整理番号：16A0095848

パンコムギの第3遺伝子プールの調査 Aegilops geniculataの染色体5M^gのアセンブリと解析

Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M^g of Aegilops geniculata

著者 (16件)： TIWARI Vijay K. (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  WANG Shichen (Dep. of Plant Pathology, Kansas State Univ., Manhattan, KS, 66502, USA) ,  DANILOVA Tatiana (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  KOO Dal Hoe (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  VRANA Jan (Inst. of Experimental Botany, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Res., CZ 78371 ...) ,  KUBALAKOVA Marie (Inst. of Experimental Botany, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Res., CZ 78371 ...) ,  HRIBOVA Eva (Inst. of Experimental Botany, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Res., CZ 78371 ...) ,  RAWAT Nidhi (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  KALIA Bhanu (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  SINGH Narinder (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  FRIEBE Bernd (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  DOLEZEL Jaroslav (Inst. of Experimental Botany, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Res., CZ 78371 ...) ,  AKHUNOV Eduard (Dep. of Plant Pathology, Kansas State Univ., Manhattan, KS, 66502, USA) ,  POLAND Jesse (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA) ,  SABIR Jamal S. M. (Biotechnology Res. Group, Dep. of Biological Sciences, Fac. of Sci., King Abdulaziz Univ., Jeddah, 21589, Saudi Arabia) ,  GILL Bikram S. (Dep. of Plant Pathology, Wheat Genetics Resource Center, Kansas State Univ. Manhattan, Manhattan, KS, 66506, USA)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 84  号： 4  ページ： 733-746  発行年： 2015年11月 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代DNAシークエンシング(NG)は,作物および近縁野生種における重要な遺伝子及び対立遺伝子の強力な発見ツールである。NGS技術の大きな進歩にもかかわらず,全ゲノムショットガン塩基配列決定は複雑なゲノムをもつ種に関してはコストが法外に高い。魅力的選択肢は塩基配列決定前にゲノム複雑性を単一ゲノムへ還元することである。添加系統または置換系統からの単一染色体の単離,次いでフローサイトメトリーによる染色体分別,NGS技術による染色体DNAの塩基配列決定によってコムギの遠近縁野生種ゲノムの研究戦略を記述する。コムギ/Aegilops geniculata 二染色体置換系統[DS5M^g (5D)] からフローサイトメトリーで染色体5M^gを分別し,Illumina HiSeq 2000システムによって塩基配列を決定した。構造及び機能アノテーション用にPaired end配列をアセンブリ化した。5M^gでは4236の遺伝子を注釈付けたが,これはコムギ染色体5d(4286)の予測ゲノム数と近似した。単一遺伝子性FISHは,染色体5M^gと5dの間に主な染色体再構成を示さなかった。モデル牧草ゲノムと染色体5M^gの比較から,Brachypodium distachyon,イネ,モロコシ及びオオムギでシンテニーブロックが確認された。染色体5M^g特異的SNP及び細胞遺伝学プローブベースリソースを開発し検証した。5M特異的遺伝質移入及び転位のトレースにはビンマッピングや秩序化5M^gSNPマーカは不要である。本研究は,パンコムギの遠近縁野生種の染色体構成の詳細配列ベース分析を提示し,作物改良を容易化するために野生生殖質のゲノム資源の開発機会を与える。Copyright 2016 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *コムギ ,  Aegilops ,  *染色体 ,  ヌクレオチド配列 ,  一塩基多型 ,  配列相同性 ,  フローサイトメトリー ,  FISH ,  遺伝現象 ,  遺伝学 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： Aegilops geniculata ,  シンテニー ,  パンコムギ ,  遺伝子プール ,  遺伝子マッピング ,  細胞遺伝学 ,  次世代DNAシークエンシング

分類 (2件)： 麦  (FC03033M) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： パンコムギ ,  遺伝子プール ,  調査 ,  Aegilops ,  アセンブリ ,  解析