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J-GLOBAL ID：201602215477951744   整理番号：16A0212958

全原子分子動力学法によるヒストン模倣ナノ粒子を用いた核酸緻密化の評価

Characterization of Nucleic Acid Compaction with Histone-Mimic Nanoparticles through All-Atom Molecular Dynamics

著者 (4件)： NASH Jessica A. (North Carolina State Univ., North Carolina, USA) ,  SINGH Abhishek (North Carolina State Univ., North Carolina, USA) ,  LI Nan K. (North Carolina State Univ., North Carolina, USA) ,  YINGLING Yaroslava G. (North Carolina State Univ., North Carolina, USA)
資料名： ACS Nano  (ACS Nano)
巻： 9  号： 12  ページ： 12374-12382  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： W2326A  ISSN： 1936-0851  CODEN： ANCAC3  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 30ベース対2重ラセンDNAまたはRNAと陽イオン機能化金ナノ粒子の結合に関する完全な全原子分子動力学(MD)シミュレーションの結果をまとめた。MDシミュレーションでは,動的過程としてのナノ粒子束縛の詳細,および最終的核酸配座の詳細な評価を行った。ナノ粒子のサイズは,ヒストン8量体に近い値を選んだ。金ナノ粒子に付着する配位子は,メチルまたはアンモニウム陽イオン終端基をもつ11炭素鎖と結合する硫黄で構成される。ナノ粒子の電荷は,配位子とアンモニウム陽イオンおよびメチル端末基との比率を変えて調節した。2種類の塩濃度で,系をシミュレーションした。低塩濃度の場合,系の中性化に塩を添加した。高塩濃度環境では,イオンを中性化に利用し,0.1モル NaCl以上を実現した。ナノ粒子配位子のコロナの形状とナノ粒子の電荷が,DNA束縛と配座に影響することが明らかになった。DNAの緻密化と構造総合体が,ナノ粒子電荷と塩濃度に依存することが分かった。RNAの緻密化は,高帯電ナノ粒子で,しかも,極低塩濃度域でのみ実現することが分かった。

シソーラス用語： *分子動力学 ,  *計算機シミュレーション ,  *金 ,  *ナノ粒子 ,  DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  *錯体生成 ,  *核酸 ,  粒径 ,  添加物効果 ,  塩化ナトリウム ,  緻密化
準シソーラス用語： 錯体形成

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 原子 ,  分子動力学法 ,  ヒストン ,  模倣 ,  ナノ粒子 ,  核酸 ,  緻密化 ,  評価