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J-GLOBAL ID：201602215702010235   整理番号：16A1033628

UV不活性化後の感染及び非感染phix174バクテリオファージ識別のための長アンプリコン(LA)-qPCR法

Long amplicon (LA)-qPCR for the discrimination of infectious and noninfectious phix174 bacteriophages after UV inactivation

著者 (5件)： Ho Johannes (DVGW-Technologiezentrum Wasser (TZW), Department Microbiology and Molecular Biology, Karlsruher Str. 84, Karlsruhe, Germany) ,  Seidel Michael (Chair of Analytical Chemistry and Institute of Hydrochemistry, Technical University of Munich, Marchioninistr. 17, 81377 Munich, Germany) ,  Niessner Reinhard (Chair of Analytical Chemistry and Institute of Hydrochemistry, Technical University of Munich, Marchioninistr. 17, 81377 Munich, Germany) ,  Eggers Jutta (DVGW-Technologiezentrum Wasser (TZW), Department Technology and Economics, Karlsruher Str. 84, Karlsruhe, Germany) ,  Tiehm Andreas (DVGW-Technologiezentrum Wasser (TZW), Department Microbiology and Molecular Biology, Karlsruher Str. 84, Karlsruhe, Germany)
資料名： Water Research  (Water Research)
巻： 103  ページ： 141-148  発行年： 2016年10月15日 
JST資料番号： B0760A  ISSN： 0043-1354  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水性ウイルスをリスク評価で考慮することが増えている。一般的に,培養法ウイルス検出は時間がかかる。対照的に,定量的ポリメラーゼ鎖反応(qPCR)による検出は迅速で,監視に適している。現在,qPCR法では感染型と非感染型ウイルスを識別できず,消毒処理監視への適用に制約がある。本研究では,長アンプリコン(LA)-qPCR法を用いたUV不活性化の定量法を開発した。バクテリオファージphix174を,ヒト病原菌のサロゲートとした。新プライマー集合を用いてqPCRプロトコルを開発し,アンプリコン長を,108,250,456,568,955,1063,1544,及び1764ヌクレオチドが得られた。遺伝子コピー数のログ減少は,アンプリコン長増加により増加した。インターカレーティング染料,PMAを用いた追加処理は影響を示さず,バクテリオファージカプシドが低圧UV照射で損傷されなかったことが示された。殆ど完全なゲノム(約5000ヌクレオチド)のqPCRは,プラーク検定法と同様の結果を示した。qPCR法のログ減少は,[比アンプリコン長xUV照射量]と相関する。標準化DNA効果定数は,qPCR法検出に基づくphix174不活性化の計算に適用できる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 紫外線照射 ,  不活性化 ,  感染 ,  *バクテリオファージ ,  認識 ,  *遺伝子 ,  *定量的PCR法 ,  ヌクレオチド ,  ウイルス ,  リスク評価 ,  水処理 ,  消毒 ,  細菌 ,  化学物質 ,  プライマー【遺伝】 ,  プロトコル ,  試薬 ,  水銀ランプ ,  対数 ,  照射線量 ,  微生物検査 ,  監視 ,  コピー数 ,  カプシド ,  *アンプリコン ,  ウイルス不活性化 ,  サロゲート ,  低圧水銀ランプ ,  定量 ,  病原菌 ,  インターカレータ ,  ウイルスプラーク検定法 ,  *微生物
準シソーラス用語： インターカレート剤 ,  プラーク検定法 ,  遺伝子のコピー数

著者キーワード (6件)： Amplicon size ,  Plaque assay ,  Low pressure UV ,  Propidium monoazide (PMA) ,  PCR primers ,  LA-qPCR

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  用水の化学的処理  (SC02040E) ,  微生物検査法  (EG02020G)

物質索引 (1件)： プロピジウムモノアジド

タイトルに関連する用語 (7件)： 不活性化 ,  感染 ,  バクテリオファージ ,  識別 ,  アンプリコン ,  La ,  qPCR法