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J-GLOBAL ID：201602216039376563   整理番号：16A0109674

探査/利用トレードオフを均衡化することによるFAST配座検索

FAST Conformational Searches by Balancing Exploration/Exploitation Trade-Offs

著者 (2件)： ZIMMERMAN Maxwell I. (Washington Univ. School of Medicine, Missouri, USA) ,  BOWMAN Gregory R. (Washington Univ. School of Medicine, Missouri, USA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 12  ページ： 5747-5757  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 望む特性を備えた蛋白質の構造配座空間を迅速に検索するために,「特異特性のゆらぎ増幅法(Fluctuation Amplification of Specific Traits)」〔FAST〕を導入した。このアルゴリズムは,探査/開発交換の均衡化によって望む構造の配座空間を迅速に検索する。多くの物理特性は,蛋白質をそれらのフォールド状態へと導くことで知られるエネルギー勾配と類似して,配座空間に全体的勾配を持つ,という仮説によってFAST性能は促進される。例えば,小分子溶媒の接近し易い面領域をもつ配座から大表面領域を持つ配座への遷移は,着実に増大する表面域をもつ一連の配座を経る必要がある。FASTの性能を他の方法と3つの共通問題点に関して比較した。すなわち,「予想外結合ポケットの同定」,「特異構造間の優先経路の発見」,および「フォールディング蛋白質」の3つである。その結果,FASTは,従来のシミュレーションおよび適応サンプリングアルゴリズムよりも少なくとも一桁性能が優れていた。更にまた,FASTは適切な熱力学および速度論の両方を与えることから,熱力学情報のみの他の方法では不可能な速度論的実験にも直接つなげることができる。

シソーラス用語： トレードオフ ,  *配座解析 ,  立体配座 ,  *アルゴリズム ,  折畳み構造 ,  タンパク質 ,  熱力学 ,  速度論

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 探査 ,  トレードオフ ,  均衡 ,  FAST ,  配座 ,  検索