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J-GLOBAL ID：201602216098241582   整理番号：16A0184335

DNA合成:低温における人工的遺伝子部分の構築のためのコンピュータプログラム

DNASynth: A Computer Program for Assembly of Artificial Gene Parts in Decreasing Temperature

著者 (3件)： NOWAK Robert M. (Warsaw Univ. Technol., Warsaw, POL) ,  WOJTOWICZ-KRAWIEC Anna (Inst. of Biotechnology and Antibiotics, Warsaw, POL) ,  PLUCIENNICZAK Andrzej (Inst. of Biotechnology and Antibiotics, Warsaw, POL)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2015  号： Bioinformatics  ページ： 413262 (WEB ONLY)  発行年： 2015年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 人工的遺伝子合成は長鎖DNA構築プロトコールと同様に,ヌクレオチド配列開発に関しても配慮を必要とする。この分子のヌクレオチド配列は,あるコドンに対する宿主生物の特定の優先傾向,特異的調節部分配列を避けること,および発現を阻害する二次構造が無いこと等を含む多くの条件と適合することを要する。DNA分子の化学合成は鎖長に関する制限がある;従って人工遺伝子の創製は短鎖フラグメントから長鎖DNA分子への組立を必要とする。ここで報告するアプローチでは,このようなアルゴリズムとコンピュータプログラムの両方の仕事を組合せること:宿主生物における与えられたペプチドをコードする最適なヌクレオチド配列を開発して,長鎖DNA構築プロトコールを決定することである。これらの仕事は密接に関連する;コドン使用の変更が最適構築プロトコールの変更をもたらし,単純な構築プロトコールが無くともヌクレオチド配列の変更で対処できる。本研究で発表したコンピュータプログラムを湿式生物学実験で得られるペプチド合成のための実際のデータを用いて試験した。ここで発表したアルゴリズムとその応用に関する利点は,即時合成遺伝子の産生に必要な時間はポリメラーゼサイクリング合成法に比較して短いことである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： DNA合成 ,  *遺伝子 ,  コドン ,  二次構造 ,  フラグメント ,  ヌクレオチド配列 ,  ペプチド合成 ,  化学反応 ,  *化学合成
準シソーラス用語： *合成遺伝子 ,  DNAフラグメント ,  低温反応

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA合成 ,  低温 ,  人工 ,  遺伝子 ,  構築 ,  コンピュータ