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J-GLOBAL ID：201602216738672208   整理番号：16A0184225

局所的標準化を伴う単純ベイズ分類器によるRNA-seqにおける差異的発現分析

Differential Expression Analysis in RNA-Seq by a Naive Bayes Classifier with Local Normalization

著者 (5件)： DOU Yongchao (Univ. Nebraska, NE, USA) ,  GUO Xiaomei (Univ. Nebraska, NE, USA) ,  YUAN Lingling (Univ. Nebraska, NE, USA) ,  HOLDING David R. (Univ. Nebraska, NE, USA) ,  ZHANG Chi (Univ. Nebraska, NE, USA)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2015  号： Bioinformatics  ページ： 789516 (WEB ONLY)  発行年： 2015年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA-seq技術の適用性を改善するため,多数のRNA-seqデータ分析法および補正アルゴリズムが開発されている。これらの新しい手法およびアルゴリズムは着実にトランスクリプトーム分析を改善しているが,計算結果により実験デザインをより良く導くため,より高い予測正確度が必要とされている。本研究において,RNA-seqデータによる差異的に発現する遺伝子の同定のための新しいツールGExposerを開発した。このツールは非ランダムに位置するリード深のバイアスを減ずるため局所的標準化アルゴリズムを導入する。差異的に発現する遺伝子を同定するため,単純ベイズ分類器を利用し,倍率変化,転写産物長,そしてGC含量を統合する。幾つかの独立した試験の結果は,GExposerが他の手法より良い性能を持つことを示す。3つの特質を伴う局所的標準化アルゴリズムと単純ベイズ分類器の組合せはより良い結果を達成できる。偽陽性率と偽陰性率が共に低下する。しかし,少数の遺伝子のみが局所的標準化とGC含量補正により影響を受ける。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *分類装置 ,  標準化 ,  *遺伝子発現 ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： *RNA-seq ,  *ナイーブベイズ分類器 ,  データ標準化 ,  *差次的発現

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 標準化 ,  単純 ,  ベイズ分類器 ,  RNA-seq ,  差異 ,  発現 ,  分析