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J-GLOBAL ID：201602217103546636   整理番号：16A0100051

非モデル生物のRNA-Seq由来のトランスクリプトーム構築における真正のトランスフラグの推測

Inferring bona fide transfrags in RNA-Seq derived-transcriptome assemblies of non-model organisms

著者 (4件)： MBANDI Stanley Kimbung (Univ. the Western Cape) ,  HESSE Uljana (Univ. the Western Cape) ,  VAN HEUSDEN Peter (Univ. the Western Cape) ,  CHRISTOFFELS Alan (Univ. the Western Cape)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Feb  ページ： 16:58 (WEB ONLY)  発行年： 2015年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]合成によるシーケンシング技術で生じた短い転写断片(トランスフラグ)の新規トランスクリプトーム構築は,様々なレベルの冗長な転写物データセットをもたらす。本方法は生物と無関係な配列クラスターを作り,誤った構築体の増加およびユニークなトランスフラグアノテーションの喪失をもたらす。[結果]機能関連構築由来転写物の推測(IFRAT)のためのパイプライン構築において,数段階からなる枠組みを提出する。IFRATは1)同一部分配列の除去,2)エラー耐性CDSの予測,3)コード化能力の特定,および4)非特異的ドメインアノテーションを減らす複数ドメイン構造アノテーションを用いたBLASTの補完を組み合わせる。IFRATは,構築後クラスタリングあるいは再構築に依存しないモデル生物のトランスクリプトーム構築物から,真のトランスフラグ(CDSおよびコード化能力を持つ)を選ぶ。単一(トリニティおよびオアシス-25)および多重(オアシス-マージおよび追加的あるいはプール化)k-merモードにおいて,ド・ブラングラフベースのアセンブラーを用いて構築されたNeurospora crassaのRNA-Seqデータ上で,IFRATの頑強性を推測する。単一のk-merアセンブリは,多重のそれと比較して少ないトランスフラグを含んだ。しかし,トリニティはオアシスプール化アセンブリへの遺伝子座および予測されたコード化配列の相対数を特定した。IFRATは,非フィルター化アセンブリの累積BLAST由来機能的アノテーションの94%以上を表現する真のトランスフラグを選ぶ。オーファントランスフラグが排除されるとき4~6%が失われ,これは配列類似性による機能的移転を由来とするアノテーションのごく一部のみを表す。真のトランスフラグ長の中央値は,1.5~2kbの範囲であり,これは真菌の平均コード配列長と一致する。遺伝子オントロジーと関連したトランスフラグは33~50%の範囲であり,これはドメインベースのアノテーションに対しても高かった。非選択トランスフラグが切断され,イントロン,非翻訳領域および非コード遺伝子座からの配列を表現することを示した。[結論]IFRATは非モデル生物に対する機能的に関連したアセンブリ由来の転写物で濃縮された参照トランスクリプトームを提供する,アセンブリ後処理を簡単にする。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 遺伝学実験技術 ,  *トランスクリプトーム ,  推論 ,  アノテーション ,  解析 ,  *転写【遺伝】 ,  *フラグメント ,  *情報処理 ,  自動分類 ,  組立 ,  完全性
準シソーラス用語： RNA-seq ,  アセンブリ ,  トランスクリプトーム解析 ,  *遺伝子情報処理 ,  遺伝的転写

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： モデル ,  生物 ,  トランスクリプトーム ,  構築 ,  真正 ,  トランス ,  推測