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J-GLOBAL ID：201602218392735879   整理番号：16A1235732

DNAバーコード技術による中国地方における鶏品種の再評価【JST・京大機械翻訳】

DNA Barcoding of Indigenous Chickens in China: A Reevaluation

著者 (5件)： Huang Xunhe (School of Life Sciences, Jiaying University) ,  Chen Jiebo (School of Life Sciences, Jiaying University) ,  He Danlin (College of Animal Science, South China Agricultural University) ,  Zhang Xiquan (College of Animal Science, South China Agricultural University) ,  Zhong Fusheng (School of Life Sciences, Jiaying University)
資料名： Zhongguo Nongye Kexue  (Zhongguo Nongye Kexue)
巻： 49  号： 13  ページ： 2622-2633  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1459A  ISSN： 0578-1752  CODEN： CKNYAR  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】本研究の目的は,標準的DNAバーコード技術としてCOI遺伝子を使用することによって,小さな差異を有する地方の鶏品種の同定の実現可能性を研究することであった。【方法】中国南部の9つの高品質鶏(懐郷鶏,,鶏,,鶏,,鶏,,鶏,,鶏,,鶏,,鶏,と,および西)を,試験材料として使用した。標準のDNAバーコード技術のミトコンドリアチトクロームC サブユニットI(CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT I,COI)を測定し、同時に発表された31本の鶏と鶏とマガモのCOI遺伝子配列をダウンロードした。品種の遺伝的多様性と遺伝距離を分析し、ハプロタイプ仲介ネットワーク図と系統発生隣接樹を構築し、品種特異的なハプロタイプを識別する。【結果】695BPのCOI遺伝子フラグメントをPCRによって増幅した。標準のDNAバーコード配列に基づき,648BPのミトコンドリアCOI遺伝子配列を分析した。10個の鶏品種の203個の個体は合計110個の変異部位を検出し、分析部位の%%を占め、その中の90個の単一遺伝子座は突然変異し、20個の簡約情報の座位であった。平均ヌクレオチド多様性は0.00394(0.00349-0.00560)で,平均ハプロタイプ多様性は0.832(0.763-0.905)であり,その中で五華三黄鶏が最も高く,中山沙欄鶏次之が最も低く,ニワトリが最も低かった。84種類のハプロタイプを定義し、ハプロタイプ1は9つの地方の鶏が共有し、出現頻度は64回であった。ハプロタイプ9と5は,鶏と鶏の間で,それぞれ29回と19回の頻度で,鶏と鶏の間で共有された。各品種には品種特異的なハプロタイプがあった。広西チワン族自治区の三,,と中山沙欄鶏のハプロタイプ数は最も多く,13個であったが,劣性とニワトリは最も少なく8個であった。異なる品種のハプロタイプ分布の差異は大きく、例えば、アンズのハプロタイプは主に1、9に分布し、惠陽の鶏は主に1、5と9に分布し、劣性の鶏は主に9と79に分布している。10のニワトリ品種間の遺伝的距離は0.003-0.006であり,遺伝的距離は0-0.003であった。鶏品種間の遺伝距離は,鶏品種間の遺伝距離よりも大きかった。マガモと鶏品種間の遺伝距離は0.2以上であった。仲介ネットワーク図は84個のハプロタイプを3つの進化枝に分け、一定の品種特異性を呈し、例えばハプロタイプ9を起点とするクレードは広西のサンホアンとニワトリの分布を持たないが、その他の2つの枝はこの特徴を示さなかった。1は祖先ハプロタイプであり,これにより他のハプロタイプが徐々に誘導される。隣接樹は,中国の鶏と鶏の間の一つのクラスタを示し,それらは,鶏の鶏,鶏,鶏と鶏の間で分離された。中国の地方は同じクラスタであり、しかも明らかな交差現象が存在し、顕著な品種特異性がない。[結論]COI遺伝子は鶏品種の遺伝的多様性を研究するための候補分子マーカーとして用いることができる。標準のDNAバーコード技術だけでは、差異の外形が比較的に小さい地方の鶏を区別することができず、COI遺伝子、チトクロームB、AFLPフィンガープリント技術、マイクロサテライト遺伝子座のLEI、ゲノムSNPと品種特異的な外観の特徴を結合する必要がある。Data from the ScienceChina, LCAS.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： AFLP ,  劣性 ,  ハプロタイプ ,  フィンガープリント法 ,  種差 ,  突然変異 ,  *品種 ,  系統発生 ,  ミトコンドリア ,  ゲノム
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  クレード ,  遺伝距離 ,  COI遺伝子 ,  *DNAバーコード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I gene ,  DNA barcode ,  indigenous chicken ,  breed identification ,  genetic diversity

分類 (2件)： 動物分類学  (EJ01030T) ,  昆虫・ダニによる植物被害  (FC04072U)

タイトルに関連する用語 (6件)： DNAバーコード ,  中国 ,  地方 ,  鶏 ,  品種 ,  評価