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J-GLOBAL ID：201602219264348330   整理番号：16A0203359

CRISPR-Cas9の活性を最大化してオフターゲット効果を最小化する最適化sgRNA設計

Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9

著者 (14件)： DOENCH John G (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  SULLENDER Meagan (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  HEGDE Mudra (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  VAIMBERG Emma W (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  DONOVAN Katherine F (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  SMITH Ian (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  TOTHOVA Zuzana (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  ROOT David E (Broad Inst. of MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  FUSI Nicolo (Microsoft Res. New England, Massachusetts, USA) ,  LISTGARTEN Jennifer (Microsoft Res. New England, Massachusetts, USA) ,  TOTHOVA Zuzana (Dana Farber Cancer Inst., Massachusetts, USA) ,  WILEN Craig (Washington Univ. School of Medicine., Missouri, USA) ,  ORCHARD Robert (Washington Univ. School of Medicine., Missouri, USA) ,  VIRGIN Herbert W (Washington Univ. School of Medicine., Missouri, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 34  号： 2  ページ： 184-191  発行年： 2016年02月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CRISPR-Cas9に基づく遺伝子スクリーニングは,生物学の新しい強力なツールである。シングルガイドRNA(sgRNA)の配列を改変するだけで,Cas9を再プログラムしてゲノム中のさまざまな部位を比較的容易に標的とすることができる。しかし,個々のsgRNAのオンターゲット活性およびオフターゲット効果は,場合によって大きく異なる。今回我々は,最近考案されたsgRNA設計ルールを用いることにより,ヒトおよびマウスの全ゲノム的なライブラリーを構築して正負の選択によるスクリーニングを実施し,そのルールの利用によって優れた結果が得られることを明らかにした。さらに,sgRNA数千個のオフターゲット活性のプロファイルを評価し,オフターゲット部位を予想する基準を開発した。我々は,大規模な実験データによるこうした知見を統合して電算的設計のルールを改良し,オンターゲット活性を最大化してオフターゲット効果を最小化する最適化sgRNAライブラリーを構築した。これは,効果および効率の優れた遺伝子スクリーニングおよびゲノム改変を可能とするものである。Copyright Nature Publishing Group 2016

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  遺伝子ライブラリー ,  *遺伝子発現 ,  *免疫 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： *CRISPR-Casシステム ,  RNAライブラリー ,  *sgRNA ,  遺伝子スクリーニング

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (8件)： CRISPR-Cas9 ,  活性 ,  最大化 ,  オフターゲット効果 ,  最小化 ,  最適化 ,  sgRNA ,  設計