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J-GLOBAL ID：201602238522042287   整理番号：16A1349599

リンゴ栽培品種「ふじ」のゲノム精査:再配列,SNPマーカー開発,ハプロタイプの定義およびQTL検出

Genomic dissection of a ‘Fuji’ apple cultivar: re-sequencing, SNP marker development, definition of haplotypes, and QTL detection

著者 (19件)： Kunihisa Miyuki (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Moriya Shigeki (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Abe Kazuyuki (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Okada Kazuma (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Haji Takashi (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Hayashi Takeshi (NARO Agricultural Research Center) ,  Kawahara Yoshihiro (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Itoh Ryutaro (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Itoh Ryutaro (DYNACOM Co., Ltd.) ,  Itoh Takeshi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Katayose Yuichi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Kanamori Hiroyuki (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Matsumoto Toshimi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Mori Satomi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Sasaki Harumi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Matsumoto Takashi (National Institute of Agrobiological Sciences) ,  Nishitani Chikako (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Terakami Shingo (NARO Institute of Fruit Tree Science) ,  Yamamoto Toshiya (NARO Institute of Fruit Tree Science)
資料名： Breeding Science  (Breeding Science)
巻： 66  号： 4  ページ： 499-515(J-STAGE)  発行年： 2016年 
JST資料番号： Y0311B  ISSN： 1344-7610  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 「ふじ」は,最も人気があり,および世界的に大量に産生されるリンゴ栽培品種の1つであり,およびしばしば育種計画において使用される。「ふじ」の好ましい表現型用の遺伝子型マーカーの開発が必要である。本研究は,「ふじ」に関連する115系統の使用によって,「ふじ」のハプロタイプを画定し,および5形質(収穫日,果実重量,酸性,蜜症度および果肉粉質 )のハプロタイプおよび表現型の間の関連性の発見を目的とした。「ふじ」ゲノムの再配列を通して,単一ヌクレオチド多型(SNP) および挿入または欠失(インデル)を含む全2, 820,759変種を,「ふじ」および「ゴールデンデリシャス」参照ゲノムMの間で検出した。本研究は,マッピング確認1. 014 SNPを選択し,その大部分は,「ふじ」におけるヘテロ接合性であり,および「Fuji」(すなわち,「Ralls Janet」および「デリシャス」)の親から遺伝された対立遺伝子を区別できた。本研究は,これらのSNPを使用の痕跡を画定し,それらは,「ふじ」ゲノムの平均27% を有することが示した。「ふじ」ハプロタイプに基づいた分散分析(ANOVA)は,それぞれ収穫時間,酸性,蜜症度および粉質に関する1つの量的形質遺伝子座(QTL)を同定した。「デリシャス」chr14からのハプロタイプは,蜜症を優位に引き起こし,および「Ralls Janet」chr1からのハプロタイプは,低粉質に関連すると考察された。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *リンゴ ,  栽培品種 ,  一塩基多型 ,  ハプロタイプ ,  *遺伝子再編成 ,  DNAマーカー ,  解析 ,  量的形質遺伝子座
準シソーラス用語： Malus domestica ,  QTL解析 ,  SNP ,  SNPマーカー ,  *ゲノム再配列 ,  *ふじ

著者キーワード (8件)： Malus × domestica ,  ‘Fuji’ ,  SNPs ,  haplotype block ,  ‘Ralls Janet’ ,  ‘Delicious’ ,  watercore ,  mealiness

分類 (2件)： 作物育種一般  (FC02010K) ,  果樹  (FC03042G)

引用文献 (68件)：

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• Aomori Prefectural Apple and Fruits Division (2014) Guidelines for apple production, 2014 edn. Aomori Apple Association, Aomori, p. 159.
• Bianco, L., A. Cestaro, D.J. Sargent, E. Banchi, S. Derdak, M.D. Guardo, S. Salvi, J. Jansen, R. Viola, I. Gut et al. (2014) Development and Validation of a 20 K Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Whole genome genotyping array for apple (Malus × domestica Borkh). PLoS ONE 9: e110377.
• Bink, M.C.A.M., M.P. Boer, C.J.F. ter Braak, J. Jansen, R.E. Voorrips and W.E. van de Weg (2008) Bayesian analysis of complex traits in pedigreed plant populations. Euphytica 161: 85-96.
• Bink, M.C.A.M., L.R. Totir, C.J.F. ter Braak, C.R. Winkler, M.P. Boer and O.S. Smith (2012) QTL linkage analysis of connected populations using ancestral marker and pedigree information. Theor. Appl. Genet. 124: 1097-1113.

タイトルに関連する用語 (10件)： リンゴ ,  栽培品種 ,  ふじ ,  ゲノム ,  再配列 ,  SNPマーカー ,  開発 ,  ハプロタイプ ,  定義 ,  QTL