dsdecode:標的突然変異の遺伝子型決定のためのクロマトグラム配列の復号化のためのWebベースのツール【Powered by NICT】

Liu Weizhi; Xie Xianrong; Ma Xingliang; Li Jun; Chen Jiehu; Liu Yaoguang

文献

J-GLOBAL ID：201602242473642573 整理番号：16A0330113

dsdecode:標的突然変異の遺伝子型決定のためのクロマトグラム配列の復号化のためのWebベースのツール【Powered by NICT】

DSDecode:A Web-Based Tool for Decoding of Sequencing Chromatograms for Genotyping of Targeted Mutations

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資料名：
巻： 8 号： 9 ページ： 1431-1433 発行年： 2015年
JST資料番号： C2651A ISSN： 1674-2052 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：中国 (CHN) 言語：英語 (EN)

転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)とクラスタ化規則的スペース間短パリンドローム反復(CRISPR)/Cas9ゲノム編集システムは植物(Li.,2012;Cong.,2013;Li等.,2013;Fengら,2014;Ma.,2015b,Zhangら,2014年,2015)を含む様々な生物における標的変異をするための効率が改善した。いくつかの植物種における,TALENおよびCRISPR/Cas9システムによって誘導される変異の大部分は最初のトランスジェニック生成における均一な対立遺伝子とヘテロ接合性の状態にある,いくつかの他の植物種では,キメラ変異(単一個体内で3あるいはそれ以上の対立遺伝子エディティング事象)が頻繁に発生する可能性がある(Li.,2013;Feng.,2014;Zhangら2014,2015Ma,2015b)。多くの場合,標的対立遺伝子の変異配列を決定する必要がある。しかし,このような対立遺伝子またはヘテロ接合性変異を含有するPCRアンプリコンの直接配列決定法(Sanger法)は,変異部位から出発して重畳配列ピークをもたらす。従って,mutationcontainingアンプリコンのクローニングと各標的エディティング部位の多重クローンの配列決定は標的対立遺伝子の変異配列,面倒で,時間とコストがかかるを決定するのに必要である。この問題を目指して,最近高信頼性縮退シーケンス復号化(DSD)法(Ma.,2015a)を開発し,イネとArabidopsis(Ma.,2015b)の100標的突然変異事象を復号化するためにそれを適用した。DSD法は次の段階で重畳配列クロマトグラムを解読する:(1)クロマトグラムの最初の重なりピーク位置から出発して,あるアンカー配列(AS),最初の重なりピークの上流に位置する隣接する短い縮退配列(DS)を生成する手動;(2)整合配列(s)を見出すことを配列分析プログラムによる無傷の参照配列に対するDSを2回;Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

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分子遺伝学一般 , 遺伝学一般 , 遺伝学研究法 , 遺伝子の構造と化学 , 動物の生化学 , 豆類

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