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J-GLOBAL ID：201602256138759220   整理番号：16A1309467

国際天然物ソーシャル分子ネットワーキングによる質量分析データの共有化およびコミュニティーキュレーション

Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

著者 (120件)： WANG Mingxun (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  CARVER Jeremy J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PEVZNER Pavel (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MOHIMANI Hosein (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  BANDEIRA Nuno (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PHELAN Vanessa V (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  SANCHEZ Laura M (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  GARG Neha (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  WATROUS Jeramie (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  LUZZATTO-KNAAN Tal (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PORTO Carla (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  BOUSLIMANI Amina (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MELNIK Alexey V (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MEEHAN Michael J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PACE Laura A (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  GONZALEZ David J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  KOYAMA Nobuhiro (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  DORRESTEIN Kathleen (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  DUGGAN Brendan M (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  ALMALITI Jehad (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  GERWICK William H (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MOORE Bradley S (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  DORRESTEIN Pieter C (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PENG Yao (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  NGUYEN Don Duy (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  KAPONO Clifford A (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  HSU Cheng-Chih (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  FLOROS Dimitrios J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  ZENG Yi (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  LIU Wei-Ting (Stanford Univ., California, USA) ,  CRUESEMANN Max (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  BOUDREAU Paul D (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  DUNCAN Katherine R (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  KLEIGREWE Karin (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  GERWICK Lena (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  LARSON Charles B (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  O’NEILL Ellis C (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  BRIAND Enora (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  GLUKHOV Evgenia (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  KHARBUSH Jenan J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MASCUCH Samantha J (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  JENSEN Paul R (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  ESQUENAZI Eduardo (Sirenas Marine Discovery, California, USA) ,  POCIUTE Egle (Sirenas Marine Discovery, California, USA) ,  HOUSON Hailey (Sirenas Marine Discovery, California, USA) ,  VUONG Lisa (Sirenas Marine Discovery, California, USA) ,  MACHERLA Venkat (Sirenas Marine Discovery, California, USA) ,  SANDOVAL-CALDERON Mario (Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, MEX) ,  SOHLENKAMP Christian (Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, MEX) ,  KERSTEN Roland D (Salk Inst., California, USA) ,  QUINN Robert A (San Diego State Univ., California, USA) ,  DUNCAN Katherine R (Scottish Marine Inst., Oban, GBR) ,  GAVILAN Ronnie G (INDICASAT, City of Knowledge, PAN) ,  SEDIO Brian E (INDICASAT, City of Knowledge, PAN) ,  P Cristopher A Boya (INDICASAT, City of Knowledge, PAN) ,  TORRES-MENDOZA Daniel (INDICASAT, City of Knowledge, PAN) ,  GUTIERREZ Marcelino (INDICASAT, City of Knowledge, PAN) ,  NORTHEN Trent (Lawrence Berkeley National Lab., California, USA) ,  JENKINS Stefan (Lawrence Berkeley National Lab., California, USA) ,  DUTTON Rachel J (Harvard, Massachusetts, USA) ,  PARROT Delphine (Univ. Rennes 1, Rennes, FRA) ,  TOMASI Sophie (Univ. Rennes 1, Rennes, FRA) ,  CARLSON Erin E (Univ. Minnesota, Minnesota, USA) ,  AIGLE Bertrand (Univ. Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, FRA) ,  MICHELSEN Charlotte F (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  JELSBAK Lars (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  MAANSSON Maria (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  KLITGAARD Andreas (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  NIELSEN Kristian Fog (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  EDLUND Anna (J. Craig Venter Inst., California, USA) ,  EDLUND Anna (UC Los Angeles, California, USA) ,  MCLEAN Jeffrey (UC Los Angeles, California, USA) ,  SHI Wenyuan (UC Los Angeles, California, USA) ,  MCLEAN Jeffrey (Univ. Washington, Washington, USA) ,  PIEL Joern (ETH Zurich, Zurich, CHE) ,  HELFRICH Eric J N (ETH Zurich, Zurich, CHE) ,  RYFFEL Florian (ETH Zurich, Zurich, CHE) ,  VORHOLT Julia A (ETH Zurich, Zurich, CHE) ,  MURPHY Brian T (Univ. Illinois Chicago, Illinois, USA) ,  ELFEKI Maryam (Univ. Illinois Chicago, Illinois, USA) ,  LIAW Chih-Chuang (National Sun Yat-sen Univ., Kaohsiung, TWN) ,  YANG Yu-Liang (Academia Sinica, Taipei, TWN) ,  HUMPF Hans-Ulrich (Univ. Muenster, Muenster, DEU) ,  KEYZERS Robert A (Victoria Univ. Wellington, Wellington, NZL) ,  SIMS Amy C (Univ. North Carolina Chapel Hill, North Carolina, USA) ,  BARIC Ralph (Univ. North Carolina Chapel Hill, North Carolina, USA) ,  JOHNSON Andrew R (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  SIDEBOTTOM Ashley M (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  SEDIO Brian E (Smithsonian Tropical Res. Inst., Ancon, PAN) ,  SILVA Denise B (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  MARQUES Lucas M (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  DEMARQUE Daniel P (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  SILVA Ricardo R (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  RODRIGUEZ Andres M C (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  LOPES Norberto P (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA) ,  SILVA Denise B (Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, BRA) ,  BRIAND Enora (Univ. Rennes 1, Rennes, FRA) ,  GRANATOSKY Eve A (Univ. Notre Dame, Indiana, USA) ,  KURITA Kenji L (UC Santa Cruz, California, USA) ,  LININGTON Roger G (UC Santa Cruz, California, USA) ,  CHARUSANTI Pep (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  PALSSON Bernhard O (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  MCPHAIL Kerry L (Oregon State Univ., Oregon, USA) ,  VINING Oliver B (Oregon State Univ., Oregon, USA) ,  TRAXLER Matthew F (UC Berkeley, California, USA) ,  ENGENE Niclas (Florida International Univ., Florida, USA) ,  HOFFMAN Thomas (Helmholtz Inst. for Pharmaceutical Res. Saarland, Saarbruecken, DEU) ,  MUELLER Rolf (Helmholtz Inst. for Pharmaceutical Res. Saarland, Saarbruecken, DEU) ,  AGARWAL Vinayak (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  WILLIAMS Philip G (Univ. Hawaii at Manoa, Hawaii, USA) ,  DAI Jingqui (Univ. Hawaii at Manoa, Hawaii, USA) ,  NEUPANE Ram (Univ. Hawaii at Manoa, Hawaii, USA) ,  GURR Joshua (Univ. Hawaii at Manoa, Hawaii, USA) ,  LAMSA Anne (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  POGLIANO Kit (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  ZHANG Chen (Univ. California (UC) San Diego, California, USA) ,  ALLARD Pierre-Marie (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  WOLFENDER Jean-Luc (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  PHAPALE Prasad (European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU) ,  ALEXANDROV Theodore (European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 34  号： 8  ページ： 828-837  発行年： 2016年08月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 天然物のデータベースは生データで検索することができず,天然物コミュニティーは発表論文以外にデータを共有する手段を持たないため,天然物が示す多様な化学的性質のバイオテクノロジーおよび医学的潜在力は未開発となっている。質量分析法(MS)はハイスループットの天然物特性評価に適しているが,データの共有化およびキュレーションを可能にするインフラには差し迫った要求がある。本論文では,タンデム質量分析法(MS/MS)の生データ,処理済みデータ,または同定済みデータの全コミュニティー的な統合化および共有化を行うオープンアクセスのナレッジベース「国際天然物ソーシャル分子ネットワーキング(Global Natural Products Social Molecular Networking[GNPS];http://gnps.ucsd.edu)」を紹介する。GNPSでは,公開された全コミュニティー的参照MSライブラリーのクラウドソース型キュレーションがアノテーションの改善を支える。データ主導型のソーシャルネットワーキングは,スペクトルの同定を容易にするとともに,共同研究を促進すると考えられる。我々はまた,寄託されたデータの継続的な再解析による「生きているデータ(living data)」の概念も導入した。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *組織化 ,  天然材料 ,  *タンデム質量分析 ,  ネットワーク ,  ドキュメンテーション ,  コミュニティ
準シソーラス用語： *ソーシャルネットワーキング ,  データキュレーション ,  *データ共有 ,  分子ネットワーク

分類 (2件)： ドキュメンテーション  (EA01020H) ,  天然有機化合物一般  (CF10010H)

タイトルに関連する用語 (5件)： 天然物 ,  分子 ,  ネットワーキング ,  質量分析 ,  共有化