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J-GLOBAL ID：201602261298781674   整理番号：16A0663574

コンピューターシミュレーションはSolexa配列ライブラリーの最適組合わせを見出す

Computer Simulations Find the Optimum Combination of Solexa Sequencing Libraries

著者 (4件)： CAO Yong (Southwest Forestry Univ., Kunming, CHN) ,  XIONG Fei (Southwest Forestry Univ., Kunming, CHN) ,  YUE Xiaoguang (Wuhan Univ. Technol., Wuhan, CHN) ,  ZHAO Youjie (Southwest Forestry Univ., Kunming, CHN)
資料名： Journal of Computational and Theoretical Nanoscience  (Journal of Computational and Theoretical Nanoscience)
巻： 12  号： 12  ページ： 5059-5065  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： W2377A  ISSN： 1546-1955  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Solexa配列ライブラリーは様々な挿入サイズ(200bp,500bp,2kbp,5kbp,および10kbp)を持つDNAセグメントから構成されている。問題点としては,莫大な費用を節約するためにSolexa配列ライブラリーの異なる挿入サイズと異なる深さの最適組合わせを見出す方法である。本研究では,その方法を見出すためにツール‘SRSD’を用いてランダムSolexaをシミュレーションした。更に,別途開発した他のツール‘SRSL’を用いて,200bpおよび500bpライブラリーの異なる役割を見出すために対照配列に基づいたランダムライブラリーのシミュレーションを,4つのモデル種(イネ,シロイヌナズナ,ショウジョウバエ,酵母)に関して実施した。その結果,200bpまたは500bpの選択は,4つのゲノムにおけるSolexa配列の長さ読み取りに密接に関連していることが示唆された。また,Solexaの読み取り長さが50bpのとき,200bpおよび500bpライブラリー両方を選択すべきであることが示された。Solexa読み取り長さが100bpの時は,200bpライブラリーは必ずしも配列決定の必要がないことが示唆された。

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  ヌクレオチド配列 ,  イネ ,  Arabidopsis thaliana ,  ショウジョウバエ ,  酵母 ,  *ゲノム ,  最適化問題 ,  挿入配列 ,  *遺伝子ライブラリー
準シソーラス用語： DNAライブラリー ,  *Solexa ,  シロイヌナズナ ,  最適解 ,  配列ライブラリー

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： コンピューターシミュレーション ,  ライブラリー ,  組合わせ