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J-GLOBAL ID：201602273182782138   整理番号：16A1309485

がんタンパク質:ネットワークを用いたタンパク質活性推定により行うがんの体細胞変異の機能特性解析

Functional characterization of somatic mutations in cancer using network-based inference of protein activity

著者 (9件)： ALVAREZ Mariano J (Columbia Univ., New York, USA) ,  SHEN Yao (Columbia Univ., New York, USA) ,  GIORGI Federico M (Columbia Univ., New York, USA) ,  LACHMANN Alexander (Columbia Univ., New York, USA) ,  CALIFANO Andrea (Columbia Univ., New York, USA) ,  ALVAREZ Mariano J (DarwinHealth Inc., New York, USA) ,  SHEN Yao (DarwinHealth Inc., New York, USA) ,  DING B Belinda (Albert Einstein Coll. of Medicine, New York, USA) ,  YE B Hilda (Albert Einstein Coll. of Medicine, New York, USA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 48  号： 8  ページ： 838-847  発行年： 2016年08月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 調節異常を来した多数のがんタンパク質を各患者において同定し,それらが腫瘍形成に関与することを突き止めることは,個別化治療法を開発する上で不可欠である。しかし,生体試料に含まれる異常なタンパク質活性を誤りなく推定することは,依然として容易ではない。というのは,遺伝的変化から予測できるのはその一部分にすぎず,またタンパク質活性は,直接的な測定には通常向いていないからである。この問題に対処するため,遺伝子発現データからタンパク質活性を正確に推定する新しいアルゴリズム,VIPER(virtual inference of protein activity by enriched regulon analysis)を導入し,実験的にその有効性を検証した。VIPERを用いて,がんゲノムアトラス(TCGA)に含まれる全ての試料を対象に,調節タンパク質に見られる遺伝的変化と機能との関連を調べた。その結果,確立された変異が引き起こすタンパク質の異常活性を正しく推測できることが分かった。さらに,変異が存在しなくても活性が異常ながんタンパク質で創薬標的となりうるもの,あるいはその逆のものを一部の腫瘍で同定した。in vitroアッセイから,VIPERによる推定で得られたタンパク質活性が,標的阻害因子に対する感受性の予測において,変異検出解析よりも優れていることが確認された。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *癌タンパク質 ,  *活性 ,  腫瘍 ,  *突然変異 ,  アルゴリズム ,  データ ,  ゲノム ,  地図 ,  ターゲット ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： *VIPER ,  *遺伝子発現データ ,  癌 ,  癌ゲノムアトラス ,  創薬標的 ,  体細胞変異 ,  *蛋白質活性 ,  TCGA

分類 (4件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  その他の情報処理  (JE15050M)

タイトルに関連する用語 (7件)： がんタンパク質 ,  タンパク質 ,  活性 ,  推定 ,  がん ,  体細胞変異 ,  特性解析