文献

J-GLOBAL ID：201602279977398820   整理番号：16A1347770

乳牛のゲノム評価に用いられる一塩基多型数の増加

Increasing the number of single nucleotide polymorphisms used in genomic evaluation of dairy cattle ¹

著者 (6件)： Wiggans G.R. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350) ,  Cooper T.A. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350) ,  VanRaden P.M. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350) ,  Van Tassell C.P. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350) ,  Bickhart D.M. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350) ,  Sonstegard T.S. (Animal Genomics and Improvement Laboratory, Agricultural Research Service, USDA, Beltsville, MD 20705-2350)
資料名： Journal of Dairy Science  (Journal of Dairy Science)
巻： 99  号： 6  ページ： 4504-4511  発行年： 2016年06月 
JST資料番号： C0282A  ISSN： 0022-0302  CODEN： JDSCAE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GeneSeek(Neogen社,レキシントン,ケンタッキー)は乳牛のGeneSeekゲノムプロファイラHD BeadChipの新バージョンを設計し,最初は>77,000の一塩基多型(SNP)を有した。既存のGeneSeekチップにすべてのSNPを含む>140,000SNPの集合を選択し,すべてのSNPはUS国家ゲノム評価に使用され,SNPは可能な機能突然変異,および他の有益なSNPであった。低微量アレル周波を有するSNPが使役的変異体をよりよく追跡するので,さらに30,000のSNPSNPをSNP選択によってIllumina BovineHD遺伝子型同定BeadChip(Illumina社,サンディエゴ(カリフォルニア))から選択して,新チップと考えられるSNPとそれを側面攻撃する2つのSNPの間の微量アレル周波の差異を最大にした。それらの位置が知られ,バイオインフォマティクスが乳牛の関係を示した場合,単一遺伝子試験が含まれた。新しいチップからのどのSNPがゲノム評価に含まるかを判定するために,既に使用したチップからの利用可能な遺伝子型を用いてSNP集合を転嫁し評価した。134,511の使用可能なSNPの効果を,すべての品種形質組み合わせで推定した。効果が最大の絶対値を有するSNPを選択した(ホルスタインでは5000,ジャージーでは1000,ブラウンスイス種およびAyrshiresでは各形質で各500)。現在ゲノム評価に使用される60,671のSNPのオーバーラップを増加するために,さらに12,094の効果が最大のSNPを加えた。多くの両親子孫葛藤を有するSNPの除去後に,84,937のSNPが残った。3つのカットオフ研究を3つのSNP集合を用いて実施して,2011年8月のデータに基づく評価を使用して2014年12月の挙動を予測したとき,両親平均での確実な増加を判定した。すべての形質にわたり,平均ホルスタインの確実な増加は,60,671,84,937,および134,511のSNPでは,それぞれ32.5,33.4,および32.0%であった。新しいチップからの遺伝子型が利用可能になった後に,提案した集合は,84,937~77,321のSNPに減少して生産期間に含まれないSNPを除去し,計算時間を縮減し,そして転嫁挙動を改善した。77,321のSNPの集合を2011年8月のデータを使用して評価し,2015年4月の挙動を予測した。60,671を超えるSNPの確実な増加は,ホルスタインの形質にわたって1.4%ポイントであった。84,937を超えるSNPの改善は部分的に,4ヶ月の追加データおよび新しいチップからの遺伝子型の結果であった。ゲノム評価に使用されたSNP集合の改訂は,評価精度を増強する進行中プロセスとして期待される。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *一塩基多型 ,  *乳牛 ,  情報科学 ,  生物学 ,  遺伝子型 ,  バイオチップ ,  ホルスタイン ,  ジャージー ,  *ゲノム ,  突然変異 ,  バイオインフォマティクス ,  *ゲノミック評価 ,  形質 ,  ジーンチップ ,  人文科学
準シソーラス用語： BeadChip ,  *ゲノム評価 ,  ブラウンスイス ,  遺伝形質 ,  遺伝子チップ

著者キーワード (5件)： Key words single nucleotide polymorphism ,  genomic evaluation ,  dairy cattle ,  beadchip ,  reliability

分類 (2件)： 牛  (FD02020Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： 乳牛 ,  ゲノム評価 ,  一塩基多型