資源
J-GLOBAL ID:201610010463298649
研究資源コード:NBDC01558
更新日:2022年01月24日
ChIP-Atlas
ChIP-Atlas
保有機関:
資源分類:
データ・データベース
タグ【対象】 (2件):
ゲノム/遺伝子
, タンパク質
タグ【データの種類】 (1件):
相互作用/パスウェイ
生物種 (5件):
Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606)
, Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090)
, Drosophila melanogaster (NCBI Taxonomy ID: 7227)
, Caenorhabditis elegans (NCBI Taxonomy ID: 6239)
, Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932)
概要:
論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。
ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。
1) Peak Browser
ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。
2) Target Genes
転写因子からターゲット遺伝子を予測します。
3) Colocalization
転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。
4) Enrichment Analysis
既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。
作成機関:
NBDC
レコード管理者:
Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件:
Creative Commons CC0 license
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