資源
J-GLOBAL ID:201610010463298649   研究資源コード:NBDC01558 更新日:2016年01月19日

ChIP-Atlas

ChIP-Atlas
保有機関:
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (2件): ゲノム/遺伝子 ,  タンパク質
タグ【データの種類】 (1件): 相互作用/パスウェイ
生物種 (5件): Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) ,  Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090) ,  Drosophila melanogaster (NCBI Taxonomy ID: 7227) ,  Caenorhabditis elegans (NCBI Taxonomy ID: 6239) ,  Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932)
概要:
論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。
ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。
1) Peak Browser
ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。
2) Target Genes
転写因子からターゲット遺伝子を予測します。
3) Colocalization
転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。
4) in silico ChIP
既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。
作成機関: NBDC

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