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J-GLOBAL ID：201702210311337546   整理番号：17A0896236

RNA-Seq差次的発現研究のためのパワー解析

Power analysis for RNA-Seq differential expression studies

著者 (3件)： YU Lianbo (Ohio State Univ.) ,  FERNANDEZ Soledad (Ohio State Univ.) ,  BROCK Guy (Ohio State Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： May  ページ： 18:234 (WEB ONLY)  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:標本サイズの計算と出力の見積もりは生物医学研究における実験設計の必須成分である。複雑な実験設計のもとでのRNA-Seq差次的発現の出力を見積もることは大きな課題である。その上,正確な結果を得るためには遺伝子間の依存性も考慮すべきである。結果:本論文では,負の二項分布を用い,遺伝子発現レベルとその変動(分散)との依存度を考慮し,条件全般での均一もしくは不均分散を可能にする一般化線形モデル(遺伝子レベル)を仮定して,出力見積もりのためのシミュレーションベースの手順を提案した。異なるシナリオ下でWald検定と尤度比検定の両方の性能を比較した。漸近的χ二乗分布の使用による過度の偽陽性を避けるために,所望の偽陽性対照について試験統計量の帰無分布のシミュレーションを行った。本研究ではこの方法をTCGA乳癌データセットに適用した。結論:本研究では,RNA-Seqデータの出力見積もりの枠組みを提示した。提案した手順は公称レベルで偽陽性誤差率を適切に制御できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *遺伝子発現 ,  相互作用 ,  二項分布 ,  *数学モデル ,  計算機シミュレーション ,  *尤度比検定 ,  確率分布 ,  検出 ,  *仮説検定 ,  乳房腫瘍 ,  検出効率 ,  誤り率 ,  *最尤法
準シソーラス用語： *RNA-seq ,  *差次的発現 ,  遺伝子間相互作用 ,  *一般化線形モデル ,  χ二乗分布 ,  偽陽性 ,  帰無仮説 ,  帰無分布 ,  乳癌 ,  偽陽性率 ,  最尤推定 ,  統計的検定 ,  *Wald検定

分類 (4件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA-seq ,  差次的発現 ,  研究 ,  パワー解析