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J-GLOBAL ID：201702211044241510   整理番号：17A0205115

アイリス根系のCDストレスに応答するMIRNAのハイスループット配列解析【JST・京大機械翻訳】

High throughput sequencing analysis on miRNA in root of Iris lactea var. chinensis response to Cd stress

著者 (7件)： Liu Liangqin (College of Horticulture,Nanjing Agricultural University) ,  Song Aiping (College of Horticulture,Nanjing Agricultural University) ,  Zhang Yongxia (Institute of Botany,Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences) ,  Yuan Haiyan (Institute of Botany,Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences) ,  Huang Suzhen (Institute of Botany,Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences) ,  Liu Zhaolei (College of Horticulture,Nanjing Agricultural University) ,  Gu Chunsun (Institute of Botany,Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences)
資料名： Zhiwu Ziyuan Yuhuanjing Xuebao  (Zhiwu Ziyuan Yuhuanjing Xuebao)
巻： 25  号： 3  ページ： 1-11  発行年： 2016年 
JST資料番号： C3054A  ISSN： 1674-7895  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： CDストレス下でアイリス IRIS VAR. CHINENSIS(FISCH.)KOIDZ.の根系MIRNAの発現パターンを調べる。100ΜMOL L(-1)CDストレス(CK)と24時間(CD)後に,アイリス 根の根のSRNAライブラリー(CKとCDライブラリー)を,ハイスループット配列決定法によって分析し,MIRNA発現を検出した。これらのMIRNAの標的遺伝子機能を予測した。これらの結果に基づき,QRT-PCR法を用いてMIRNAとその標的遺伝子の発現パターンを検証した。結果は以下を示す。CKとCDライブラリーにおいて、未注釈のSRNA配列は比較的に多く、それぞれSRNAの特異的配列の総数の86.4%と80.5%を占める。アノテーションされたSRNA配列において、MIRNAの占める割合は最も低く(それぞれ0.3%と0.5%)、RRNAの占める割合は最も高かった(それぞれ9.4%と11.8%)。2つのライブラリーにおけるSRNAの長さは21~24NTであり,21NTが最も多かった。CDストレスの下で,32のMIRNAの発現は,それぞれ,MIR165,MIR166,MIR167,MIR168,MIR390およびMIR396ファミリーに属していた。12個のMIRNAは過度にを発現した。機能予測の結果は以下を示す。これらのMIRNA標的遺伝子の機能は主に生物学過程、細胞成分と分子機能の3つの方面に集中している。KEGG経路の濃縮分析から、リボソーム、アミノ酸生合成と炭素代謝の3つの経路における差異発現MIRNAの遺伝子因子はそれぞれ122、88と82個であることが分かった。QRT-PCRの結果は以下のことを示した。CKとCDライブラリの間には,11のMIRNAと8つの標的遺伝子の相対的発現に有意差があった(P<0.05)。その中、11個のMIRNAの相対的発現量のアップレギュレーションとダウンレギュレーションの傾向は上述のスクリーニング結果と一致し、しかもMIRNAの相対的発現量が低い時、その標的遺伝子の相対的発現量は低下し、逆に、CDストレス条件は下のMIRNAが標的遺伝子の発現を負に制御することを示した。これらの標的遺伝子は主に転写因子、HD-ZIPタンパク質とシグナルタンパク質などの過程に関与している。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *根系 ,  アップレギュレーション ,  タンパク質 ,  ダウンレギュレーション ,  遺伝子 ,  アノテーション ,  *アヤメ ,  スクリーニング ,  リボソーム
準シソーラス用語： 炭素代謝 ,  KEGG ,  標的遺伝子 ,  遺伝子発現パターン ,  *配列解析 ,  *ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Iris lactea var. chinensis (Fisch.) Koidz. ,  Cd stress ,  miRNA ,  target gene ,  high throughput sequencing ,  differential expression

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： アイリス ,  根系 ,  Cd ,  ストレス ,  応答 ,  miRNA ,  ハイスループット ,  配列解析