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J-GLOBAL ID：201702211183371180   整理番号：17A1101132

BEESEM HT-SELEXデータを用いた結合エネルギーモデルの評価

BEESEM: estimation of binding energy models using HT-SELEX data

著者 (3件)： RUAN Shuxiang (Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, USA) ,  SWAMIDASS S.Joshua (Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, USA) ,  STORMO Gary D. (Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 15  ページ： 2288-2295  発行年： 2017年08月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット法により多数の転写因子の結合特異性の迅速な測定が可能になっている。しかし,ハイスループットSELEX(HT-SELEX)データから結合モチーフを推定する効率良いアルゴリズムはあまり研究されておらず,また,単一ヌクレオチドバリアントを用いた選択配列頻度の比較による位置特異的マトリックス(PWM)の構築法は,実際の結合特異性より高い情報量を伴うモチーフを生み出す危険がある。本稿は,タンパク質-DNA相互作用の包括的生物物理モデル上に構築したアルゴリズム,BEESEMを紹介する。BEESEMは,http://stormo.wustl.edu/resourcesにて利用可能である。

シソーラス用語： 遺伝学実験技術 ,  モデル ,  *結合エネルギー ,  *評価基準 ,  *アルゴリズム
準シソーラス用語： *SELEX法 ,  *エネルギーモデル ,  *評価法

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： エネルギーモデル ,  評価