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J-GLOBAL ID：201702211283813049   整理番号：17A1118887

不均一系の系統発生的節約機能を加速【Powered by NICT】

Accelerating the phylogenetic parsimony function on heterogeneous systems

著者 (4件)： Santander-Jimenez Sergio (Department of Computer and Communications Technologies, University of Extremadura, Escuela Politecnica, Campus Universitario s/n, Caceres, 10003, Spain) ,  Ilic Aleksandar (INESC-ID, IST, Universidade de Lisboa, Lisboa, 1000-029, Portugal) ,  Sousa Leonel (INESC-ID, IST, Universidade de Lisboa, Lisboa, 1000-029, Portugal) ,  Vega-Rodriguez Miguel A. (Department of Computer and Communications Technologies, University of Extremadura, Escuela Politecnica, Campus Universitario s/n, Caceres, 10003, Spain)
資料名： Concurrency and Computation: Practice & Experience  (Concurrency and Computation: Practice & Experience)
巻： 29  号： 8  ページ： null  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2542A  ISSN： 1532-0626  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 不均一CPU+GPUシステムのアベイラビリティは,複雑な生物学的問題に取り組むための並列解法の開発のための新しい機会への扉を開いた。種間の進化的履歴の再構成は大計算上の挑戦,この種のハードウェア設計を利用して扱うことができるを示した。本研究では,系統発生,系統発生的節減関数を推定するための最も良く知られた目的関数の一つを加速するためのOpenCLを用いたヘテロコンピューティングの応用を検討した。この目的のために,著者らはこの関連した機能のCPUとGPUカーネル実装の設計を,処理装置間の多重節約評価を分配する不均一CPU+GPU多段装置アプローチを提案した。6実ヌクレオチドデータセットと他の並列実装との比較に関する実験は,本論文で提案の利点の説明を与え,入力データの特性に応じてCPUとGPUの能力を組み合わせることにより有意な結果を得た。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 再構成 ,  処理装置 ,  *不均一系 ,  ハードウェア設計 ,  多重化 ,  *系統発生 ,  目的関数 ,  アベイラビリティ
準シソーラス用語： 入力データ ,  並列実装 ,  OpenCL , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： バイオインフォマティクス ,  不均一CPU+GPUシステム ,  並列アルゴリズム ,  並列性能評価

分類 (1件)： 計算機システム開発  (JD02010R)

タイトルに関連する用語 (4件)： 不均一系 ,  系統発生 ,  節約 ,  加速