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J-GLOBAL ID：201702211718108433   整理番号：17A1769431

次世代シーケンサーデータの解析手法 第11回 統合データ解析環境Galaxy

Methods for analyzing next-generation sequencing data XI. Galaxy-an integrated data analysis environment

著者 (4件)： 大田達郎 (情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセ) ,  寺田朋子 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  門田幸二 (東大 大学院農学生命科学研究科)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 28  号： 3  ページ： 167-175  発行年： 2017年11月10日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 次世代シーケンサー(以下,NGS)データの解析手段は多様であ...

シソーラス用語： 自動分析計 ,...
準シソーラス用語： *Galaxy ,...

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分類 (2件)： 計算機利用技術一般  (JE01000C) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (25件)：

• 1) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24: 801-803.
• 2) Giardine B, Riemer C, Hardison RC, Burhans R, Elnitski L, et al. (2005) Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis. Genome Res 15: 1451-1455.
• 3) Blankenberg D, Gordon A, Von Kuster G, Coraor N, Taylor J, et al. (2010) Manipulation of FASTQ data with Galaxy. Bioinformatics 26: 1783-1785.
• 4) Goecks J, Nekrutenko A, Taylor J; Galaxy Team. (2010) Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol 11: 128.
• 5) Afgan E, Baker D, van den Beek M, Blankenberg D, Bouvier D, et al. (2016) The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update. Nucleic Acids Res 44: W3-W10.

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  統合 ,  データ解析 ,  環境