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J-GLOBAL ID：201702213438413640   整理番号：17A0618392

CRISPR RNA誘導型のプログラム可能なデアミナーゼの全ゲノム的標的特異性

Genome-wide target specificities of CRISPR RNA-guided programmable deaminases

著者 (11件)： KIM Daesik (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  LIM Kayeong (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  YOON Sun-heui (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  RYU Seuk-Min (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  KIM Jin-Soo (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  LIM Kayeong (Inst. for Basic Sci. (IBS), Seoul, KOR) ,  KIM Sang-Tae (Inst. for Basic Sci. (IBS), Seoul, KOR) ,  KIM Kyoungmi (Inst. for Basic Sci. (IBS), Seoul, KOR) ,  RYU Seuk-Min (Inst. for Basic Sci. (IBS), Seoul, KOR) ,  KIM Jin-Soo (Inst. for Basic Sci. (IBS), Seoul, KOR) ,  KIM Jin-Soo (Univ. Sci. and Technol., Daejeon, KOR)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 35  号： 5  ページ： 475-480  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cas9と連結させたデアミナーゼは塩基エディターとも呼ばれ,真核細胞ゲノムの一塩基の選択的変異を可能にする。しかし,そのオフターゲット活性はほとんど知られていない。今回我々は,分解ゲノム配列解読(Digenome-seq)に手を加え,Cas9ニッカーゼ(nCas9)およびデアミナーゼAPOBEC1で構成されるプログラム可能なデアミナーゼの特異性をヒトゲノムで評価した。ゲノムDNAをその塩基エディター,およびDNAを操作する酵素の混合物を用いてin vitroで処理し,ウラシル含有部位でDNA二本鎖切断(DSB)を導入した。続いて,全ゲノム配列解読データからオフターゲット部位をコンピューターで特定した。7種類のシングルガイドRNA(sgRNA)を調べたところ,rAPOBEC1-nCas9塩基エディターの特異性が高く,各sgRNAに関してヒトゲノムで誘発したシトシン・ウラシル変換がわずか18±9カ所であることが分かった。Digenome-seqは,置換頻度が0.1%のオフターゲット部位を捕捉するのに十分な感度を有していた。注目されるのは,塩基エディターのオフターゲット部位がCas9単独の場合とは異なっていることが多く,その全ゲノム的特異性の独立した評価が必要となることである。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *シチジンデアミナーゼ ,  エンドヌクレアーゼ ,  複合作用酵素 ,  *遺伝子操作 ,  *核酸塩基 ,  ゲノム ,  RNA【核酸】 ,  HEK293細胞 ,  遺伝子ターゲティング
準シソーラス用語： *Cas9 ,  HEK293T細胞 ,  sgRNA ,  ゲノム解読 ,  *ゲノム編集 ,  ヒトゲノム ,  遺伝子標的

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (6件)： CRISPR ,  RNA ,  誘導 ,  ゲノム ,  標的 ,  特異性