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J-GLOBAL ID：201702213929539746   整理番号：17A0483931

画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備 第2章 高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(1)予測基礎プログラム構築

著者 (3件)： 伊藤剛 (農業生物資源研) ,  沼寿隆 (農業生物資源研) ,  田中剛 (農業生物資源研)
資料名： 農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果  (農林水産技術会議事務局研究成果)
号： 570  ページ： 19-21  発行年： 2017年03月31日 
JST資料番号： S0070A  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： GWASとゲノム構造変異について,文献調査等を広く行い,有力なプログラムを選定した。GWASについては実データを用いて検討を行い,適切な動作を確認することができた。構造変異についてはプログラムを検証するための実データのセットを作成した。(著者抄録)

シソーラス用語： 農作物 ,  *畜産物 ,  遺伝情報 ,  *データベース ,  計画 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  一塩基多型 ,  回帰分析 ,  突然変異 ,  *予測
準シソーラス用語： *農産物 ,  ゲノム情報 ,  プログラム ,  GWAS ,  SNP ,  新規遺伝子変異

分類 (2件)： システム設計・解析  (IA02030D) ,  ドキュメンテーション  (FA01020I)

引用文献 (8件)：

• Pindel. http://gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/ ( 参照日: 2016.7.11).
• CNVnator: a tool for CNV discovery and genotyping from depth-of-coverage by mapped reads. https://github.com/abyzovlab/CNVnator (参照日 : 2016.7.11).
• Genome STRiP. http://www.broadinstitute.org/software/genomestrip/ (参照日 : 2016.7. 11).
• Short Oligonucleotide Analysis Package. http://soap.genomics.org.cn/soapindel.html (参照日 : 2016.7.11).
• TASSEL. http://www.maizegenetics.net/tassel (参照日 : 2016.7.11).

タイトルに関連する用語 (11件)： 畜産物 ,  ゲノム ,  情報データベース ,  整備 ,  解析システム ,  ゲノム情報 ,  活用 ,  遺伝子 ,  予測 ,  基礎 ,  構築