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J-GLOBAL ID：201702214123137954   整理番号：17A1370422

TnseqDiff:トランスポゾンシーケンシング研究における条件的に必須の遺伝子の同定

TnseqDiff: identification of conditionally essential genes in transposon sequencing studies

著者 (5件)： ZHAO Lili (Univ. Michigan) ,  ANDERSON Mark T. (Univ. Michigan) ,  WU Weisheng (Univ. Michigan) ,  MOBLEY Harry L. T. (Univ. Michigan) ,  BACHMAN Michael A. (Univ. Michigan)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： July  ページ： 18:326 (WEB ONLY)  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:Tn-Seqは,実験条件下で遺伝子の条件的必須性を測定するためのトランスポゾン突然変異体ライブラリーの分析のためのハイスループット技術である。Tn-Seqデータの特別な特徴は,遺伝子中の複数の突然変異が,その遺伝子を必須であると優先順位付けする独立した証拠を提供することである。既存の方法はこの特徴を考慮していないかまたは高密度トランスポゾンライブラリーに頼っていない。さらに,これらの方法は複雑な設計に対応することができない。結果:本研究で提案する方法は,Tn-Seqデータの解析のために特別に設計した。これは,ゲノム中の各遺伝子の条件的必須性を推定するために2つのステップを利用する。第1に,条件間の挿入のリード回数を比較することにより,各挿入に対する条件的必須性の証拠を収集する。第2に,対応する遺伝子の挿入レベルの証拠を組み合わせる。低密度リポソームライブラリーと高密度トランスポゾンライブラリーの両方のデータを処理し,複雑なデザインに対応する。さらに,実装は非常に高速である。提案した方法の性能を,感染のマウスモデルにおける適応に寄与する遺伝子を同定するために使用されるSerratia marcescensトランスポゾン変異ライブラリーからの模擬データおよび実験的Tn-Seqデータについて検証した。結論:高い検出感度と特異度を有するTn-Seq実験において条件的に必須の遺伝子を同定するための新規で効率的な方法を開発した。RパッケージTnseqでTnseqDiff関数として実装し,Comprehensive R Archive Network,CRANからインストールすることができる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *トランスポゾン ,  *遺伝学実験技術 ,  *同定 ,  *ハウスキーピング遺伝子 ,  突然変異体 ,  計測 ,  遺伝子ライブラリー ,  マウス ,  病態モデル ,  霊菌 ,  感度 ,  性能 ,  能力 ,  プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  隠れMarkovモデル ,  複製起点 ,  信頼区間
準シソーラス用語： *DNAシークエンシング ,  *遺伝子同定 ,  *必須遺伝子 ,  ハイスループット法 ,  疾患マウスモデル ,  Serratia marcescens ,  検出感度 ,  Rパッケージ ,  複製開始点 ,  信頼域

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 研究 ,  遺伝子 ,  同定