モンテカルロ交差検証解析を用いた統合的アプローチによる多発性骨髄腫の新規標的の同定【Powered by NICT】

Liu Congjian; Gu Xiang; Jiang Zhenxian

文献

J-GLOBAL ID：201702214149774511 整理番号：17A1511335

モンテカルロ交差検証解析を用いた統合的アプローチによる多発性骨髄腫の新規標的の同定【Powered by NICT】

Identification of novel targets for multiple myeloma through integrative approach with Monte Carlo cross-validation analysis

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巻： 8 ページ： 8-12 発行年： 2017年
JST資料番号： W2932A ISSN： 2212-1374 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

一つ以上の経路は疾患進展および進行に関与し,二つまたはそれ以上の経路は,疾患発症に影響する相互接続されたかもしれない,機能的蛋白質は複数の経路に関与した。経路間のクロストークを同定している多発性骨髄腫(MM)の分子機構を理解する必要がある。これに基づいて,この論文は,モンテカルロ交差検証解析を用いた統合的アプローチを介しMMで可能性のある経路クロストークを抽出した。MM(アクセッション番号:GSE6477)の遺伝子発現ライブラリーを遺伝子発現オムニバス(GEO)データベースからダウンロードした。統合的アプローチは,可能性のある経路クロストークを同定するために使用した,四段階:第一に,差次的発現分析は差次的に発現した遺伝子(DEG)を同定するために行ったを含んでいた。第二に,得られたDEGは創意経路解析(IPA)からダウンロードされた経路にマップされ,これらのDEGsにより濃縮されたDEGsと経路の間の根底にある関係を明らかにした。DEGにより濃縮された経路のサブセットを得た。第三に,各対経路の識別スコア(DS)値を計算した。最後に,ランダムフォレスト(RF)分類は,曲線下面積(AUC)に基づく対経路とモンテカルロ交差検証,最良対経路を探究するために50回繰り返したを同定するために使用した。これら対経路は他の独立して公表されたMMマイクロアレイデータ(GSE85837)を用いて試験し,in silico検証した。全体として,DEGにより濃縮された60DEGと19の2つの異なる経路を抽出した。各経路はそれらのAUC値に基づいて分類した。,マトリックスメタロプロテアーゼとEIF2シグナル伝達経路の阻害,対になった経路は,1.000の最良のAUC値を示した。0.975のより高いAUCとIL-8およびEIF2シグナル伝達経路から成る対経路は,7回に関与していた。さらに,別々のマイクロアレイデータセット(GSE85837)で一貫して検証した。対経路(マトリックスメタロプロテアーゼとEIF2シグナル伝達の阻害,IL-8シグナル伝達とEIF2シグナル伝達)が最良のAUC値と検証の高い頻度を示した。二対経路(マトリックスメタロプロテアーゼとEIF2シグナル伝達の阻害,IL-8シグナル伝達とEIF2シグナル伝達)はMMと対照試料を正確に分類するために使用した。これら対経路はMMの診断と管理のための潜在的なバイオシグネチャーである可能性がある。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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血液の腫よう

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