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J-GLOBAL ID：201702214535743582   整理番号：17A1455606

テンチ(Tinca tinca)ハイスループットトランスクリプトミクスは飼料依存腸プロファイルを明らかにする【Powered by NICT】

Tench (Tinca tinca) high-throughput transcriptomics reveal feed dependent gut profiles

著者 (6件)： Panicz Remigiusz (Department of Meat Sciences, West Pomeranian University of Technology, Szczecin, Kazimierza. Krolewicza 4, 71-550 Szczecin, Poland) ,  Klopp Christophe (Plateforme Bioinformatique Genotoul, Mathematiques et Informatique Appliquees de Toulouse, INRA, Castanet-Tolosan, France) ,  Igielski Rafal (Department of Plant Biotechnology, Faculty of Biology, University of Szczecin, Szczecin, Poland) ,  Hofsoe Paulina (Division of Aquaculture, West Pomeranian University of Technology, Szczecin, Kazimierza. Krolewicza 4, 71-550 Szczecin, Poland) ,  Sadowski Jacek (Division of Aquaculture, West Pomeranian University of Technology, Szczecin, Kazimierza. Krolewicza 4, 71-550 Szczecin, Poland) ,  Coller John A. (Stanford Functional Genomics Facility, Stanford University School of Medicine, 269 West Campus Dr., CCSR #0120, Stanford, CA 94305, United States)
資料名： Aquaculture  (Aquaculture)
巻： 479  ページ： 200-207  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0784A  ISSN： 0044-8486  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： テンチ,Tinca tincaは海洋資源はoverexploitedであるとして益々注目を受ける淡水種であり,代替飼料成分は,水産養殖の持続可能な開発を可能にするために実行されなければならない。研究の目的は,テンチトランスクリプトーム注釈最初の高品質の科学者と養魚家を提供し,テンチ研究,実用飼料を試験した場合に新しい章を開いたことであった。成人テンチ雌は家禽副産物ミール(PBM)と0%と100%置換した魚粉(FM)を摂食させたが二番目の目的は,86日試験後のテンチ腸における差次的な発現コンティグ(DEC)を同定した。de novo de novo RNA-Seq集合パイプライン(DRAP)を用いた集合は1kbpを超えるこれらは大部分が注釈付き64070コンティグを生産した。マイクロサテライト検索同定された23668のSSRとSNPは118002-遷移と83577個の’転換’に分布していた。組立の高品質,テンチトランスクリプトームのアノテーション完全性はBUSCOを使用して確認され,コイ,Cyprinus carpioとゼブラフィッシュに対するコンティグをマッピングすることにより,Danio rerioデータセット。FMとPBM食餌を与えられたテンチ腸試料間の遺伝子発現の差異の解析はedgeRとDESeq2を用いた721と69DECSを明らかにした。これらの結果のVennダイアグラムは,両解析の共通した57DECSを取り除いた。少数注釈付きDECs濃縮分析のために経路または機能解析のための有用なコンティグの低い数を提供した。それにもかかわらず,集合の各コンティグはBLASTn及びBLASTxにより解析し,十八DECSを特性化し,主に異なる免疫刺激と病態(例えば分化48のクラスター,F型レクチン),細胞接着(例えばパラシングリン),消化(例えばセリンプロテアーゼ)とシグナル伝達(例えばneurexophilin3,コンプレキシン2)への応答に関与するとして同定された。さらに,ほとんど研究DECs(70.2%)で同定されたのは,FMベースの飼料によるこれらと比較してPBMを供給したテンチの腸においてダウンレギュレートされたことを示した。この観察は,進行中の炎症過程における上皮間接合の崩壊に示すかもしれない。理解飼料消化管相互作用するので,筆者らのde novoテンチ腸トランスクリプトームアセンブリ(オンラインNGSパイプライン)は,多様な研究のためのガイドを提供し,養殖における腸ホメオスタシスは,テンチこの種の性能を最大にし,淡水養殖が増大する世界人口に対する食物の持続可能な供給源であり続けていることを保証するために重要である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 消化 ,  キャラクタリゼーション ,  上皮 ,  クラスタ ,  *遺伝子発現 ,  ホメオスタシス ,  RNA【核酸】 ,  相互作用 ,  養殖 ,  食品 ,  細胞接着 ,  機能分析 ,  炎症 ,  成人
準シソーラス用語： *テンチ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 腸応答 ,  ニュートリゲノミクス ,  家禽副産物ミール ,  実用的な食事 ,  Tinca ,  トランスクリプトームプロファイリング

分類 (2件)： 動物に対する影響  (EE05040R) ,  湖沼汚濁  (SB02030Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： テンチ ,  飼料 ,  腸 ,  プロファイル