InverPep:無脊椎動物抗菌ペプチドのデータベース【Powered by NICT】

Gomez Esteban A.; Giraldo Paula; Orduz Sergio

文献

J-GLOBAL ID：201702216200378206 整理番号：17A1180010

InverPep:無脊椎動物抗菌ペプチドのデータベース【Powered by NICT】

InverPep: A database of invertebrate antimicrobial peptides

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資料名：
巻： 8 ページ： 13-17 発行年： 2017年
JST資料番号： W3403A ISSN： 2213-7165 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

本研究の目的は,InverPep,無脊椎動物から実験的に検証された抗菌ペプチド(AMP)に特化したデータベースを構築した。InverPepに含まれるAMPデータは手動で他のデータベースと科学文献から管理された。MySQLは開発プラットフォームLaravelと統合した;このフレームワークは,HTMLとPHPにおけるプログラミングを統合することが可能になるとInverPep Webページの界面を設計した。InverPepは十八の分離した場,InverPepコード門と種源,ペプチド名,配列,ペプチドの長さ,二次構造,モル質量,電荷,等電点,疎水性,Boman指数,脂肪族指標と疎水性アミノ酸の割合を含んでいる。多重ペプチドの物理化学的性質を同時に計算するアルゴリズム,CALCAMPIはPERL言語でプログラミングした。今日まで,InverPepは無脊椎動物種由来の702種類の実験的に検証されたAMPを含んでいた。ペプチドの全てが外部文献への源,物理化学的性質,二次構造,生物学的活性とリンクに関連する情報を含んでいる。InverPepのほとんどのAMPは10及び50アミノ酸,正電荷,0及び2kcal/molの間のBoman指数,30 50%の疎水性アミノ酸間の長さを持っている。InverPepは他のデータベースに報告されていない33種のAMPを含んでいる。に加えて,InverPepデータのCALCAMPIと統計的解析を提示した。InverPepデータベースは英語で提供され,スペイン。InverPepは無脊椎動物AMPを研究するための有用なデータベースであり,その情報は,新しいペプチドの設計に用いることができた。InverPepとその情報のインタフェースはユーザフレンドリなので,http://ciencias.medellin.unal.edu.co/gruposdeinvestigacion/prospeccionydisenobiomoleculas/InverPep/public/home_enでWebベースブラウザを介して利用自由にできる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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自然保護 , 河川調査・計画

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